最近开始自学使用gromacs进行蛋白质-配体的动力学模拟实验，由于还不熟悉（也希望能获得各位的指点），基本每个步骤都能出现一堆问题，而这帖的问题我还没在论坛找到于是打算分享（当然我也可能看漏了，如果有就删帖）
以下是过程：
先是用sybyl2.0提取了一个名叫3nsn的蛋白质中的配体，生成了3nsn_ligand.mol2。（至于为什么用sybyl提取是因为先前的筛选工作是用这个完成的）
接着用sobtop处理得到了3nsn_ligand.top\itp\gro
接着：
gmx pdb2gmx -f 3nsn.pdb -o 3nsn.gro -water spc -ignh（准备蛋白质拓扑、选择力场6）
gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0（定义单元盒子）
gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro（得到newbox.gro 填充溶剂水）
gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o next.tpr（添加离子）
然后报错了
- ERROR 1 [file topol.top, line 86749]:
- No such moleculetype MOL
- There was 1 note
- -------------------------------------------------------
- Program: gmx grompp, version 2020.6-MODIFIED
- Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\toppush.cpp (line 2511)
- Fatal error:
- There was 1 error in input file(s)
- For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
- website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
No such moleculetype MOL说明缺乏[moleculetype]字段对名为MOL的分子类型进行定义
有位建议将; Include ligand topology #include "ligand.itp"这两行放到; Include forcefield parameters #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"这两行下面
但还是无法解决
因为sobtop生出的配体文件的resname都是MOL，于是我想出来这两个解决办法。
①
把3nsn_ligand.top文件中的这段代码：
[ molecules ] ; Molecule nmols 3nsn_ligand 1 换成 ; Molecule nmols MOL 1
把3nsn_ligand.itp中将这段代码： [ moleculetype ] ; name nrexcl 3nsn_ligand 3 换成 [ moleculetype ] ; name nrexcl MOL 3
② 直接把3nsn_ligand.mol2改名为MOL.mol2，然后用sobtop进行拓扑
1.打开Sobtop，将配体分子路径放进去，并回车； 2.选择1并回车，生成top文件； 3.选择3，尽可能使用GAFF力场； 4.选择0，进入下一步 5.选择4，如果可能，预先构建成键参数，任意猜测缺少的选项 6.回车，生成的top文件生成在sobtop软件根目录下 7.回车，生成的itp位置限制文件在sobtop软件根目录下 8.选择2，生成gro文件 9.回车，生成的gro文件在sobtop软件根目录下 10.回车，退出sobtop软件
（end）
ps：在之后添加反离子的操作中提示System has non-zero total charge: 2092.349998，明明做蛋白质拓扑的时候Total charge -14.000 e（崩溃），有位建议用tip3p做拓扑，现在正打算重新做一遍。
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发表于 Post on 2024-12-3 01:02:38
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