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[GROMACS] packmol填充完后怎么生成拓朴文件和gro文件呢?

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想问问packmol填充完后怎么生成拓朴文件和gro文件呢?

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发表于 Post on 2024-5-30 20:34:10 | 只看该作者 Only view this author


详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/

特别要阅读FAQ 4:
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发表于 Post on 2024-5-31 08:59:58 | 只看该作者 Only view this author
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-5-31 14:17:46 | 只看该作者 Only view this author
GRO文件很容易生成吧,gmx editconf .......
拓朴文件的话,你需要预先生成体系中单个分子的拓朴文件(一般以itp结尾),然后在topol.top里面引用这些文件,并且注明他们的重复次数

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