伞型采样得到的PMF曲线是否光滑与什么因素有关？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-11-7 10:53:20

本帖最后由社会主义小战士于 2023-11-7 10:58 编辑

如题。
对于采样间隔的大小，我理解的是采样间隔越小，熵的影响也越小，
那么这样想是否合适呢？

除了采样间隔，还有哪些因素会导致PMF曲线呈现锯齿状呢？
在真空中进行采样是否合适呢？
窗口的采样时间是否也可以算是一个比较重要的因素？对于小分子（30个原子以内）之间的PMF，模拟时间10ns是否足够呢？

liuxdhs · 发表于 Post on 2023-11-7 11:02:23

除了采样间隔，还有哪些因素会导致PMF曲线呈现锯齿状呢？
把k设置小一点就成伞状了

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[GROMACS] 伞型采样得到的PMF曲线是否光滑与什么因素有关？

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