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[GROMACS] 求助各位老师,油水二元体系带表面活性剂界面张力模拟体系背一直拉长怎么办

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我在测定一个表面活性剂对油水界面体系的表面张力降低程度,在做固定x,y轴,允许z轴变化的npt模拟时发现体系会一直被拉长,以下是我的体系和我用的mdp文件,请问各位老师这应该如何处理?
title                   = NPT equilibration
;define                  = -DPOSRES  ; position restrain the protein

; Run parameters
integrator              = md        ; leap-frog integrator
nsteps                  = 10000000   ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                      = 0.002     ; 2 fs

; Output control
nstxout                 = 0      ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout                 = 0      ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy               = 100000      ; save energies every 1.0 ps
nstlog                  = 100000      ; update log file every 1.0 ps

; Bond parameters
continuation            = yes       ; Restarting after NVT
constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraints             = h-bonds   ; bonds involving H are constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy

; Nonbonded settings
cutoff-scheme           = Verlet    ; Buffered neighbor searching
ns_type                 = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist                 = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
rcoulomb                = 1.2       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                    = 1.2       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
DispCorr                = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme

; Electrostatics
coulombtype             = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order               = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing          = 0.16      ; grid spacing for FFT

; Temperature coupling is on
tcoupl                  = V-rescale ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                 = system    ; coupling groups
tau_t                   = 0.1       ; time constant, in ps
ref_t                   = 300       ; reference temperature, one for each group, in K

; Pressure coupling is on
pcoupl                  = Parrinello-Rahman     ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype              = semiisotropic         ; uniform scaling of box vectors
tau_p                   = 2.0                   ; time constant, in ps
ref_p                   = 1.0 1.0               ; reference pressure, in bar
compressibility         = 0 4.5e-5              ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling        = com

; Periodic boundary conditions
pbc                     = xyz       ; 3-D PBC

; Velocity generation
gen_vel                 = no        ; Velocity generation is off

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发表于 Post on 2025-7-15 06:08:51 | 只看该作者 Only view this author
没事甭写fourierspacing          = 0.16,完全多余

体系稳定之前不要用PR压浴,要用Berendsen或C-rescale压浴。力场或拓扑信息存在问题也可能导致此现象

另外,我不知道当前界面是平行于XY的还是平行于其它笛卡尔平面。结合semiisotropic控压时应当平行于XY平面
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-15 08:21:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 syf666 于 2025-7-15 08:47 编辑

谢谢老师的指导
老师,我的输入力场文件是这样得到的:高斯计算后得到的fch文件用Multiwfn计算resp然后用sobtop整合mol2文件和chg文件得到,使用的是GAFF力场,体系主要是正辛烷,水和十二磺酸基硫酸钠,界面是平行于x,y平面

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