lammps做拉伸动力学的问题

huanghuang · 发表于 Post on 2018-9-3 14:32:08

本帖最后由 huanghuang 于 2018-9-3 14:33 编辑

求助一下用lammps做恒速拉伸动力学的时候，拉力的值为负的比较多，这是什么原因呢？而且PMF的值一直不能达到一个稳定的状态，一直在增大

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-9-3 14:37:05

力为负就是那一段做负功啊，你把做功的曲线画出来就可以大致知道哪个结构更稳定了。不过你要想得到自由能曲线的话还是要多次模拟使用Jarzynski's equality来计算

huanghuang · 发表于 Post on 2018-9-3 15:14:59

我是做的蛋白和晶体的吸附体系的解吸，现在还在调参数，不求解自由能，主要是看蛋白的解吸的残基的一些细节情况，怎么样产能说明自己参数的合理性呢？我理解的是PMF值达到恒定，力的变化最终也趋于稳定？

huanghuang · 发表于 Post on 2018-9-3 15:15:29

fhh2626 发表于 2018-9-3 14:37
力为负就是那一段做负功啊，你把做功的曲线画出来就可以大致知道哪个结构更稳定了。不过你要想得到自由能曲 ...

我是做的蛋白和晶体的吸附体系的解吸，现在还在调参数，不求解自由能，主要是看蛋白的解吸的残基的一些细节情况，怎么样产能说明自己参数的合理性呢？我理解的是PMF值达到恒定，力的变化最终也趋于稳定？

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-9-3 15:58:50

huanghuang 发表于 2018-9-3 15:15
我是做的蛋白和晶体的吸附体系的解吸，现在还在调参数，不求解自由能，主要是看蛋白的解吸的残基的一些细 ...

用Jarzynski's equality计算出来的自由能在远端趋于恒定或者略微下降

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