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[GROMACS] 怎样比较两种有机分子聚集倾向的大小?

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有三种分子,A/B/C,原子数在60~80的有机分子,我各放了18个分子(共54个分子)在水溶液中处于聚集-解聚平衡状态,请问怎样比较其中两种分子的聚集倾向的大小,比如说A和B更容易聚集,或者说C更容易自聚;我尝试了用径向分布函数和空间分布函数去做,但是效果都不是很好,请问有更好的方法么?

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发表于 Post on 2018-9-4 10:49:21 | 只看该作者 Only view this author
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你改了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-9-4 11:38:05 | 只看该作者 Only view this author
比如自己写脚本,考察A附近一定距离内B的平均个数,C一定距离内出现C的平均个数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-4 14:43:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-4 11:38
比如自己写脚本,考察A附近一定距离内B的平均个数,C一定距离内出现C的平均个数

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-9-4 19:41:43 | 只看该作者 Only view this author
比如可以算一下不同分子间的相互作用能,如果A-B的相互作用能大于A-A的和AC的,那就说明A-B容易聚集吧。ms的blends模块里评估不同分子相溶性的例子,可以参考看看
十室之邑,必有忠信如丘焉,不如丘之好学也。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-5 15:23:55 | 只看该作者 Only view this author
brothers 发表于 2018-9-4 19:41
比如可以算一下不同分子间的相互作用能,如果A-B的相互作用能大于A-A的和AC的,那就说明A-B容易聚集吧。ms ...

好的,谢谢您,我的体系比较大,MS估计做不了

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