利用antechamber拟合辅因子NAD的resp出错

tianpingpei · 发表于 Post on 2018-8-30 15:54:43

利用gaussian09计算辅因子NAD（烟酰胺腺嘌呤二核苷酸）的电荷，然后利用网上处理小分子gaff力场的软件包处理我得到的log文件，命令如下：antechamber -i NAD.log -fi gout -o NAD.mol2 -fo mol2 -c resp,结果是no atom read in, the gaussian output file may not complete,exit.log文件开头是这样
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=NAD.gjf
Output=NAD.log
Initial command:
/home/customer/.Opt//g09/l1.exe /tmp/Gau-25050.inp -scrdir=/tmp/
Entering Link 1 = /home/customer/.Opt//g09/l1.exe PID=    25051.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2010,
         Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.
log文件结尾是：
TWO ROADS DIVERGED IN A WOOD, AND I--
I TOOK THE ONE LESS TRAVELED BY,
AND THAT HAS MADE ALL THE DIFFERENCE.
                     -- ROBERT FROST
Job cpu time: 31 days  9 hours 14 minutes 58.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 419 Int=    0 D2E=    0 Chk=    40 Scr=    1
Normal termination of Gaussian 09 at Fri Aug 10 01:35:00.2018
想知道这个怎么解决这个问题，我利用gromacs做蛋白配体复合物的MD，需要得到NAD的gro和top文件。

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-9-1 14:14:59

帖一下你输入文件的关键词？这都显示正常结束，看不出什么问题。

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-2 17:50:26

我正在令Multiwfn支持RESP电荷计算，很快，以后就再也不需要利用antechamber这玩意算RESP电荷了

2019-May-15补充：目前算RESP电荷的最理想的做法是用Multiwfn程序，相关文章见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

guoy14iccas · 发表于 Post on 2018-9-3 09:00:59

sobereva 发表于 2018-9-2 17:50
我正在令Multiwfn支持RESP电荷计算，很快，以后就再也不需要利用antechamber这玩意算RESP电荷了

200多个原子的分子大概需要两天左右。确实很费时。

tianpingpei · 发表于 Post on 2018-9-3 14:21:25

高斯输入关键词：
%nprocshared=64
%mem=80GB
%chk=NAD.chk
# opt=tight b3lyp/6-31g(d,p) nosymm scf=qc iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1) pop=mk

Title Card Required
我的NAD分子71个原子，高斯算了31天，这个时间简直要疯

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-3 19:47:45

tianpingpei 发表于 2018-9-3 14:21
高斯输入关键词：
%nprocshared=64
%mem=80GB

不适合、多余的关键词太多

根本没必要用tight收敛限，白浪费时间，增加收敛难度

用qc纯粹是白浪费时间，见
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

对于当前版本的antechamber，根本就没必要加IOp(6/50)

机子有多少物理核心nproc就写了64？别利用超线程，看
正确看待超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392

这么点体系花那么多时间，必然是由于犯了使用上的低级错误所致，别把锅让Gaussian背。有个30核以上的机子，正常情况，就算出现不顺利，撑死了一天也搞完了

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-3 19:54:30

Multiwfn的RESP代码已经写好了，还有些额外的功能打算加上（比如支持多构象），着急用的现在就可以去http://sobereva.com/multiwfn里下载最新的3.6(dev) windows版。载入含有波函数信息的文件，进入主功能7，选择选项18，再选1即可计算。对大体系，强烈建议同时借用cubegen节约时间，做法见http://sobereva.com/435。
Multiwfn的RESP计算结果和antechamber几乎没有差异。从此再也不需要用antechamber算RESP电荷了，用起来比antechamber方便太多！！！

目前版本的输出例子，体系是甲醇

methanol.fchk (50.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
            ------------ Calculation of RESP charges ------------
0 Return
1 Start calculation!
2 Set parameters for determining fitting points
3 Set hyperbolic restraint parameters
4 Set equivalence constraint in fitting stage 2, current: RESP default
5 Set the way of determining connectivity, current: Guess
6 Toggle if reading fitting points and ESP values from Gaussian output file of
pop=MK task with IOp(6/33=2) keyword, current: No
1
Atomic radii used:
Element:H    vdW radius (Angstrom): 1.200
Element:C    vdW radius (Angstrom): 1.500
Element:O    vdW radius (Angstrom): 1.400

Total number of fitting points used:    4868
Calculating ESP at fitting points, please wait...
Since the input file type is .fch/fchk and "cubegenpath" parameter in settings.
ini has been properly defined, now Multiwfn directly invokes cubegen to calculat
e electrostatic potential
Running: D:\study\G16W\cubegen.exe 4 potential=SCF C:\Users\Sobereva\Desktop
\RESP\methanol\methanol.fchk ESPresult.cub -5 h < cubegenpt.txt > nouseout
Calculation of ESP took up wall clock time       0s

**** Stage 1: ESP fitting under weak hyperbolic restraint
Convergence criterion: 0.00000100 Restraint parameter: 0.000500
Iter: 1 Maximum charge variation:  0.65980925
Iter: 2 Maximum charge variation:  0.01289773
Iter: 3 Maximum charge variation:  0.00023702
Iter: 4 Maximum charge variation:  0.00000416
Iter: 5 Maximum charge variation:  0.00000007
Stage 1 has finished!

**** Stage 2: ESP fitting for methyl and methylene groups under strong hyperbol
ic restraint with equivalence constraint for their hydrogens
Indices of the atoms whose charges will be fitted at this fitting stage:
1C    2H    3H    4H
Sum of stage 1 charges of above atoms:  0.248619
Atoms equivalence constraint imposed in this fitting stage:
Constraint 1: 2(H ) 3(H ) 4(H )
Convergence criterion: 0.00000100 Restraint parameter: 0.001000
Iter: 1 Maximum charge variation:  0.04139676
Iter: 2 Maximum charge variation:  0.00001111
Iter: 3 Maximum charge variation:  0.00000004
Stage 2 has finished!

Merz-Kollmann charges, stage 1 charges and final RESP charges:
               MK       Stage 1     RESP （这列下边的就是RESP电荷）
   1(C ) 0.244803 0.238928 0.235391
   2(H ) 0.044531 0.045802 0.004409
   3(H ) -0.019693 -0.018056 0.004409
   4(H ) -0.019693 -0.018056 0.004409
   5(O ) -0.666011 -0.664332 -0.664332
   6(H ) 0.416062 0.415713 0.415713
Sum of charges: -0.000000
MK charges: RMSE= 0.002089 RRMSE= 0.125630
RESP charges: RMSE= 0.003259 RRMSE= 0.195999

即便只用4核，借助cubegen时，Multiwfn对6-31G*下的C60体系计算RESP电荷也只需要不到2分钟而已。

tianpingpei · 发表于 Post on 2018-9-5 10:19:28

感谢sob老师的Multiwfn的3.6(dev) windows版本，昨天飞快的赶去下载使用了。我的辅因子NAD，71个分子，在没有使用cubegen的情况下，我的分子2小时计算完成，计算速度真的是非常快，
                     MK       Stage 1    RESP
   1<P > 1.360029  1.348737  1.348737
   2<P > 1.32815 1.310253  1.310253
   ......
if exporting atom coordinates with RESP charge to NAD.chg in current folder?(y/n)
y
results have been saved to NAD.chg in current folder
但是我利用Notepad+++软件打开我的NAD.chg文件，发现我的RESP导入如下：
P -2.742000 -2.241000 25.382002 0.436220
  P -4.853000 -1.254000 27.213002 0.054737
  C    0.975000 -5.902000 27.663002 -0.194083
  C -8.067001 -2.816000 30.384002 0.173484
  N    2.450000  -10.047001 30.321002 0.035582
......
我查阅论坛。chg格式是Multiwfn的特有格式，http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html，没有查到如何将chg格式转化为其他格式，后续我需要得到的gro和top文件还是参照高斯计算的得到的文件一样处理来获得gro和top文件吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-5 12:06:50

tianpingpei 发表于 2018-9-5 10:19
感谢sob老师的Multiwfn的3.6(dev) windows版本，昨天飞快的赶去下载使用了。我的辅因子NAD，71个分子，在没 ...

基于GAFF力场的gromacs拓扑文件用acpype调用antechamber产生，默认用AM1-BCC电荷，整个过程完全不牵扯到Gaussian。如果你想改用RESP电荷，就把.chg文件最后一列复制到小分子的拓扑文件里的原子电荷那地方即可。

如果让Multiwfn借用cubegen，算这个体系RESP电荷我估计撑死了5分钟。

tianpingpei · 发表于 Post on 2018-9-5 12:42:52

谢谢sob老师，我发现我的chg文件的电荷和计算后得到的完全不同，这个是由什么导致的？是我的输入fchk有问题还是其他原因，fchk是利用高斯里面的chk文件转化而成。
                     MK       Stage 1    RESP
   1<P > 1.360029  1.348737  1.348737
   2<P > 1.32815 1.310253  1.310253
   ......
if exporting atom coordinates with RESP charge to NAD.chg in current folder?(y/n)
y
results have been saved to NAD.chg in current folder
NAD.chg文件，发现我的RESP数字变化了导入如下：
P -2.742000 -2.241000 25.382002 0.436220
P -4.853000 -1.254000 27.213002 0.054737
C    0.975000 -5.902000 27.663002   -0.194083

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-6 01:39:21

tianpingpei 发表于 2018-9-5 12:42
谢谢sob老师，我发现我的chg文件的电荷和计算后得到的完全不同，这个是由什么导致的？是我的输入fchk有问题 ...

是bug，以屏幕上直接输出的为准，此问题之后会修正。

tianpingpei · 发表于 Post on 2018-9-6 09:26:48

好的，谢谢sob老师，坐等修复bug的好消息

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