结合老版本GROMACS-3.3.1的联用软件安装求助

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2020-11-3 19:57:40

本帖最后由 FMGwenyanhoon 于 2020-11-5 12:29 编辑

GROMACS支持Schlitter formula和Quasiharmonic analysis两张计算熵的方法。然而由于水有扩散性，这导致基于quasi-harmonic的计算生物体系熵的方法变得不再适用。此时就需要采用Grubmuller and co-workers, known as permutation reduction的方法来计算此类有扩散性的体系。文献如下：

permutation reduction.pdf (1.4 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)

g_permute.pdf (497.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)
在http://cpc.cs.qub.ac.uk/summaries/AECJ_v1_0.html可下载到此方法的文件包，解压缩后如下图所示：

在g_permute文件夹内有一个instGMX331.sh脚本，会下载安装包括gromacs3.3.1，fftw3.1.2等老版本内容。只要提前准备好相关压缩包（别乱改名字），即可快速运行完脚本。
运行完后便会安装好所需内容。

但是根据指示，在g_permute/liblap and then g_permute/src/中先后make和make install的时候总会报错。

后来在makefile文件修改了一点，cc后面加了-fPIC

虽然显示如下，但是实际上还是无法运行。

从下图可以看到根据g_permute文件夹下面INSTALL的提示，快速使用的非编译版本直接make和make install即可。但是实际操作的时候总会报错。

就不知道是什么地方出了问题。因此把软件贴出啦，希望有会的人搞成之后教一下我咋弄。谢谢各位老师！！

gromacs-3.3.1.tar.gz (7.62 MB, 下载次数 Times of downloads: 24)

fftw-3.1.2.tar.gz (2.61 MB, 下载次数 Times of downloads: 12)

aecj_v1_0.tar.gz (2.61 MB, 下载次数 Times of downloads: 8)
fftw和老版本gromacs以及g_permute包也贴出来了。

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-5 03:53:03

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子，去掉直接ctrl+v到里面的图，并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2020-11-5 10:24:58

sobereva 发表于 2020-11-5 03:53
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子，去掉直接ctrl+v到里面的图，并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎 ...

嗯嗯好的。下次肯定不犯错了，不好意思。然后我这边修改完了

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-11-5 11:30:25

你这发的图我都没看到哪里有报错

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2020-11-5 12:26:36

liuyuje714 发表于 2020-11-5 11:30
你这发的图我都没看到哪里有报错

不好意思图贴错了，现在修改好了

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-11-5 18:30:43

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-11-5 18:35 编辑

FMGwenyanhoon 发表于 2020-11-5 12:26
不好意思图贴错了，现在修改好了

我附上我的编译步骤：
系统：Ubuntu 16.04
GCC 版本： 5.4.0

源码： gromacs 3.3.1和g_permute

编译步骤：
1. 编译gromacs，这里不需要用g_permute中的那个插件，我觉得多余。一定要打开shared选项

tar -xvf gromacs-3.3.1.tar.gz
cd gromacs-3.3.1
./configure --prefix=/home/liuyujie714/Desktop/code/gmx3.3.1 --enable-shared=yes
make -j4
make install

复制代码

2. 编译g_permute
首先是liblap库的编译，更改Makefile文件中的gromacs路径，这里我设置的和上面对应：

GMXDIR = /home/liuyujie714/Desktop/code/gmx3.3.1

复制代码

并且更改那个编译平台，因为现在基本上都是64位系统了，注释掉原本的那个32的，去掉64位的那个注释，更改以后如下：

#for compilation on 64bit systems uncomment the following line
CFLAGS = -O0 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused -fPIC -DPIC -funroll-all-loops -ggdb
#for compilation on 32bit systems uncomment the following line
#CFLAGS = -O0 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused -malign-double -funroll-all-loops -ggdb

复制代码

然后make，make install即可

最后编译一下g_permute
同理修改Makefile中的gromacs路径和平台，我就不重复写了

3. 设置环境变量，比如把gromacs安装路径下的lib和g_permute-1.1路径下的那个lib目录给到LD_LIBRARY_PATH即可：

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/liuyujie714/Desktop/code/g_permute-1.1/lib:/home/liuyujie714/Desktop/code/gmx3.3.1/lib

复制代码

并设置可执行文件的bin路径到PATH中。
最后即可使用，截图如下：

4. 题外话，这个软件版本用gromacs 3.3.1的库实在是太老了，自己有能力的话可以更改为4.6.7版本，我亲测可用，Win平台也可以。

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2020-11-5 20:46:17

liuyuje714 发表于 2020-11-5 18:30
我附上我的编译步骤：
系统：Ubuntu 16.04
GCC 版本： 5.4.0

我的天好详细！谢谢！已经可以用了！

mol · 发表于 Post on 2022-9-14 15:03:03

liuyuje714 发表于 2020-11-5 18:30
我附上我的编译步骤：
系统：Ubuntu 16.04
GCC 版本： 5.4.0

您好，请问修改为支持更高版本gmx的话需要修改哪些地方？请大神指点一下

mol · 发表于 Post on 2022-9-14 20:59:55

lz您好，今天和作者联系了下，说已经更新到支持gmx2018版本了，目前在github上维护https://gitlab.gwdg.de/lheinz/g_permute

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2025-10-13 23:01:10

mol 发表于 2022-9-14 20:59
lz您好，今天和作者联系了下，说已经更新到支持gmx2018版本了，目前在github上维护https://gitlab.gwdg.de/ ...

随意翻看老帖子的时候看到了您的回复，谢谢您的补充说明！

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