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[GROMACS] 求助:关于分子动力学模拟RMSD的group选择

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请问各位老师,对小分子和蛋白质进行分子动力学模拟,计算RMSD是group两次都选择一样的是什么含义呢?是该结构相对于初始结构的RMSD嘛?

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两次group选择

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发表于 Post on 2021-8-18 22:02:45 | 只看该作者 Only view this author
第一次让你选根据哪个组对轨迹进行叠合消除平动转动,第二次让你选(根据叠合后的轨迹)对哪个组计算RMSD。二者完全是独立的,根据实际需要选择

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年年是陶大猫 + 4 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-19 11:19:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-18 22:02
第一次让你选根据哪个组对轨迹进行叠合消除平动转动,第二次让你选(根据叠合后的轨迹)对哪个组计算RMSD。 ...

sob老师,那描述蛋白质和小分子的稳定性,可以选两次backbone,再选两次ligand嘛?

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发表于 Post on 2021-8-20 06:34:01 | 只看该作者 Only view this author
年年是陶大猫 发表于 2021-8-19 11:19
sob老师,那描述蛋白质和小分子的稳定性,可以选两次backbone,再选两次ligand嘛?

如果你用骨架的波动程度衡量蛋白质的稳定性,两次选backbone可以
但小分子的稳定性没有统一的评判方式,你得说清楚你打算怎么来评判稳定性。选两次ligand只不过是衡量小分子在模拟过程中自身构象波动情况,不体现和蛋白质结合的稳定性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-20 10:26:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-20 06:34
如果你用骨架的波动程度衡量蛋白质的稳定性,两次选backbone可以
但小分子的稳定性没有统一的评判方式, ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-8-25 11:38:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a-Student 于 2023-8-26 20:37 编辑
sobereva 发表于 2021-8-18 22:02
第一次让你选根据哪个组对轨迹进行叠合消除平动转动,第二次让你选(根据叠合后的轨迹)对哪个组计算RMSD。 ...

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