有机小分子A与B之间相互作用演示求助

蕊蕊花儿杰杰

大家好，本人刚开始搞科研，学了一个月的amberB4教程（一个小分子与受体蛋白复合）跑分子动力学课程后，不知道该怎么用到自己的体系。有些问题困惑了很久不知道怎么解决，希望前辈老师们指点，不胜感激！

课题：研究两个有机小分子A、B（均不超过30个原子），液相无其他溶剂，二者互溶，使他们进行不同的配比，看不同比例时二元复合物体系相互作用力及团簇变化。


学习的amberB4教程是一个小分子与一个受体蛋白的复合，我的是两个小分子，我现在分别建立了A、B的参数文件，比方我用2个A和2个B混合起来的体系一起跑分子动力学，我不知道该怎么把我建的两个小分子参数文件加进去，复合物文件该怎么修改。说明书看的有点云里雾里，我刚开始可能找不到对应的章节。

另外，最近看到sob老师的《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》，我是不是也可以换个思路用这个程序，两个分子怎么同时在一起进行相关的搜索。

谢谢！

sobereva

既然是刚开始搞科研，其实我建议你用GROMACS，速度比Amber明显更快，输入文件还明显更为灵活，还完全免费。

amber的话，你得把两个分子的库文件都载入leap，然后把混合体系的结构载进去。复合物结构可以用packmol构建
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

这个问题和构型、构象搜索没直接关系，你得对凝聚相进行计算。molclus做构型、构象搜索是对于孤立体系而言的。

蕊蕊花儿杰杰

sobereva 发表于 2021-4-3 17:01
既然是刚开始搞科研，其实我建议你用GROMACS，速度比Amber明显更快，输入文件还明显更为灵活，还完全免费。 ...

感谢卢老师的回复。已经按您的建议安装好了gromacs。之后试着用这个软件完成课题。