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[GROMACS] 用gmx做SMD,想求助mdp文件中pull的设置

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gmx可以用来做牵引力模拟,因为是新手,在这方面不太懂。想请求过来人能不能帮忙指点一二,在哪里可以找到比较全面的学习umbrella sampling的内容,或者谁可以分享一下mdp文件的pull代码的设置之类的细节,实在是卡在这里无法进行,谢谢。

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发表于 Post on 2020-4-1 02:56:51 | 只看该作者 Only view this author
发帖时候别随便用大字号,看着很不舒服。给你改回去了

给你几页我的培训班里的ppt作为提示,剩下的结合手册琢磨








另参考
在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程(含视频)
http://sobereva.com/153

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x)(此文对应的是老版本,很多都和当前不符,但也有一定共通性)
http://sobereva.com/40

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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-1 12:41:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-1 02:56
发帖时候别随便用大字号,看着很不舒服。给你改回去了

给你几页我的培训班里的ppt作为提示,剩下的结合 ...

好的,谢谢社长!

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发表于 Post on 2020-4-6 22:18:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-1 02:56
发帖时候别随便用大字号,看着很不舒服。给你改回去了

给你几页我的培训班里的ppt作为提示,剩下的结合 ...

Sob老师,我想问下,用gromacs输出的力的单位是KJ/mol/nm,如果用e的势能梯度变化来算的话将单位换算成pN,具体有什么算法吗?感谢老师!

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发表于 Post on 2020-4-7 06:56:46 | 只看该作者 Only view this author
DwyaneWan 发表于 2020-4-6 22:18
Sob老师,我想问下,用gromacs输出的力的单位是KJ/mol/nm,如果用e的势能梯度变化来算的话将单位换算成pN ...

先把kJ/mol、nm都换算成国际单位J、M,此时对应N,然后再根据N和pN(1E-12 N)的关系换算便知
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发表于 Post on 2021-4-27 19:49:30 | 只看该作者 Only view this author
请问,设置constaint可以监视两个组之间的限制力,意思是可以直接读出来最小断裂力吗?umbrella方法可以做到吗,非常感谢!

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