基底四层原子，固定地层上面放开，发现优化后上层原子完全变形

lastzealot

如题，优化（基底+修饰基团）的稳定结构。
用symm=loose关键词，优化后上层原子变形十分严重，请问这样合理吗？

个人感觉修饰基团的存在不应该对固体基底原子的结构有较大的影响。

需要对基底进行何种处理才能更为合理呢？

卡开发发

把图发来看看？

lastzealot

卡开发发 发表于 2015-5-11 11:03
把图发来看看？

谢谢，第一次做这种计算，没啥头绪。

sobereva

你的基底太薄了

lastzealot

sobereva 发表于 2015-5-11 11:52
你的基底太薄了

多少层合适啊？
我单位服务器每个节点8个核，我用高斯6-31G(d)来计算大多数的原子，另外有时会有“铀”这种錒系元素，需要用到RECP赝势基组（RSC）。我不大敢增加层数。
大神能否给点建议？

qwoop

一般来说，表面模型需要测试到表面能不再变化为止

卡开发发

lastzealot 发表于 2015-5-11 12:06
多少层合适啊？
我单位服务器每个节点8个核，我用高斯6-31G(d)来计算大多数的原子，另外有时会有“铀” ...

可以试试把边缘原子进行固定，而不仅仅是底层原子，厚度确实不够。可以的话仍然坚持原来的建议用那些支持pbc的程序做，dmol，siesta，openmx如果没有特殊要求的话纯泛函应该够了，一定要用杂化泛函做就只好考虑cp2k这种pw2ao的方法。

lastzealot

卡开发发 发表于 2015-5-11 14:22
可以试试把边缘原子进行固定，而不仅仅是底层原子，厚度确实不够。可以的话仍然坚持原来的建议用那些支持 ...

谢谢老师。您刚才说的那些程序我都不会用，只用高斯而且用的还很初级。我想再增加一层并且固定除表层以外的所有原子，可行吗？

lastzealot

卡开发发 发表于 2015-5-11 14:22
可以试试把边缘原子进行固定，而不仅仅是底层原子，厚度确实不够。可以的话仍然坚持原来的建议用那些支持 ...

其实一开始我只用了含有四个Si原子的二氧化硅基底计算，文献中也有用比较小的基底、用高斯的方法计算的，但是我发现基底表面的羟基可能会参与作用，因此我选择了平面模型。但又出现了层数少、基底结构变形的问题，真不知道咋处理了。
老师能给些意见吗

卡开发发

lastzealot 发表于 2015-5-11 17:16
谢谢老师。您刚才说的那些程序我都不会用，只用高斯而且用的还很初级。我想再增加一层并且固定除表层以外 ...

可行，但不确定计算量你的服务器能否承受，有可能会比较慢。但是边缘那些被H饱和的原子最好也固定一下（但是不要固定H）。还有那些用来饱和的H尽可能初始结构让他们朝下朝外。层高对相互作用的大小影响很大。

如果你们有DMol3的话上手倒是不太难，如果只是做相互作用，不涉及其他的问题的话DFT-D2就能解决问题。

patience2014

这样的表面模型不能真实反映材料的结构啊，原子数目太少层数也太少了。我记得cristobalite (111)的Si-O-Si并不是直线型的，建议你在MS中好好切切表面。目前用高斯做周期边界条件计算还不是主流啊，有很多选择的啊，siesta、VASP、CASTEP都可以的啊。原子层数很多时候要四层的，吸附的分子与其影像的距离也要10A左右才不会相互影响。如果计算条件有限，可以把表面全部固定住或者固定下面三层原子更好。

patience2014

补充一句，楼主所用的表面不是四层吧。

卡开发发

patience2014 发表于 2015-5-11 17:39
这样的表面模型不能真实反映材料的结构啊，原子数目太少层数也太少了。我记得cristobalite (111)的Si-O-Si ...

表面体系尤其是吸附分子比较大的情况不推荐平面波方法，表面面积比较大K又不用很大的情况平面波方法相当没效率。一般10A的真空不够的，一般建议25A以上（表面能、功函数收敛），层数也需要测试（表面能，中间层层间距收敛）。数值基组这样的情况会明显有优势。如果计算量吃紧的话DFTB+也是好的选择。

lastzealot

卡开发发 发表于 2015-5-11 17:39
可行，但不确定计算量你的服务器能否承受，有可能会比较慢。但是边缘那些被H饱和的原子最好也固定一下（ ...

你说的dft-d2是泛函吗？

lastzealot

卡开发发 发表于 2015-5-11 17:39
可行，但不确定计算量你的服务器能否承受，有可能会比较慢。但是边缘那些被H饱和的原子最好也固定一下（ ...

dmol3倒是有，就是版本低。
dft-2是啥？基组？泛函？
我看的文献基本上都是用b3lyp，少量用mp2、pbe和pw91。