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[Multiwfn使用咨询] 如何将三维静电势转化为一维图像

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各位大佬好,我最近看到了一篇文献,想请问一下如何能将三维静电势转化成一维图像,文献里的图片附加在下方。
我试着利用multiwfn的功能3去绘制,但感觉结果好像不太对,因为出来的一维静电势数值基本都是大于0的,但实际三维图像中有正有负。
请问一下该怎么做呢

202503112057299349..png (182.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

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发表于 Post on 2025-3-11 23:28:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-3-11 23:52 编辑

用主功能5的子功能12 Total electrostatic potential (ESP)导出ESP的格点数据。然后用主功能 13 Process grid data的子功能18 Plot (local) integral curve or plane-averaged in X/Y/Z direction绘制平面平均曲线。记得提前调整好分子朝向。
第一次修改:
思考了一下,当前办法似乎和主功能3不会有本质区别。图中的单位V A也很奇怪,建议直接把原文给出来吧。
第二次修改:
似乎可以这样,通过13 Process grid data的 11 Grid data calculation处理电荷密度格点数据(或者定义用户自定义函数),基于电子密度算出一个新的格点数据,让电子密度接近0.001 a.u.(也就是范德华表面)的区域的值比较大,电子密度为其他值的区域的值比较小或者为零,将这个新的格点数据与ESP的格点数据相乘。这样子相当于做了一个加权,只有靠近分子范德华表面的区域的ESP才会被统计。最后算平面平均即可。
这只是一个很不成熟的设想,如果有别的现成功能可以实现的话欢迎补充。

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发表于 Post on 2025-3-12 04:30:53 | 只看该作者 Only view this author
参考下文
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
http://sobereva.com/638http://bbs.keinsci.com/thread-28225-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-12 11:36:31 | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-3-11 23:28
用主功能5的子功能12 Total electrostatic potential (ESP)导出ESP的格点数据。然后用主功能 13 Process gr ...

谢谢老师,我试一下,这个是原文pdfhttps://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c16555

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-12 11:37:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-12 04:30
参考下文
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
http://sobereva.com/63 ...

感谢sob老师!!老师我还有个小问题想请教一下您,就是为什么这里multiwfn的功能3不能用呢

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发表于 Post on 2025-3-13 02:41:04 | 只看该作者 Only view this author
bbdfdhsh 发表于 2025-3-12 11:37
感谢sob老师!!老师我还有个小问题想请教一下您,就是为什么这里multiwfn的功能3不能用呢

那只是对两个点之间连线上绘制函数值的变化,没考虑对各个位置垂直的面上的值取平均,仔细看我博文里的公式
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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