FEP计算求助

weiyi8061225 · 发表于 Post on 2020-3-1 17:09:18

在计算FEP时，采用mdp里修改lambda的方式进行微扰，在微扰库伦的时候，只要coul的lambda一增加，结构就会崩溃，错误信息是某两个原子之间的非键相互作用距离太太太大，超过盒子距离，这种情况下我应该怎么调整参数或者结构呢？谢谢大家！

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-3-1 17:46:31

应该是两个粒子之间有库伦力作用却没有范德华力作用。
你把详细的mdp文件发上来看看顺便讲一下你要做什么

weiyi8061225 · 发表于 Post on 2020-3-1 22:23:33

wuzhiyi 发表于 2020-3-1 17:46
应该是两个粒子之间有库伦力作用却没有范德华力作用。
你把详细的mdp文件发上来看看顺便讲一下你要做什么

我是想算锌离子和蛋白质的结合能，所以想通过微扰锌离子来实现，但是只要到后半step11也就是开始微扰库伦的时候，体系就会崩溃，修改了好几次mdp中的参数，还有崩溃，不知道怎么回事？
非常感谢指导和帮助。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-3-2 03:45:49

体系里只有一个·Zn么？
在进入第11步的时候 Zn是在你觉得他应该在的位置么？
感觉好像没啥问题，你用的gmx是最新的么？

weiyi8061225 · 发表于 Post on 2020-3-2 09:23:29

本帖最后由 weiyi8061225 于 2020-3-2 09:45 编辑

wuzhiyi 发表于 2020-3-2 03:45
体系里只有一个·Zn么？
在进入第11步的时候 Zn是在你觉得他应该在的位置么？
感觉好像没啥问题，你用的g ...

体系里是Zn和蛋白质的配合物的结构放在水溶液中，锌离子就是在蛋白质中间，然后微扰掉锌离子，用的是5.1.4版本的

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-3-2 17:54:57

weiyi8061225 发表于 2020-3-2 09:23
体系里是Zn和蛋白质的配合物的结构放在水溶液中，锌离子就是在蛋白质中间，然后微扰掉锌离子，用的是5.1. ...

我看不出来什么问题，建议是升级到2019.5，5.1.4之后改了好多fep相关的bug。

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