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[理论与算法] 是否有Ac,Th等等锕系元素的Grimme参数C6和R0的值?

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请问是否有Ac,Th等等锕系元素的Grimme参数C6和R0的值?非常感谢

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发表于 Post on 2024-7-23 03:27:50 | 只看该作者 Only view this author
Grimme参数指代不明
如果是D3或者D4,支持什么元素原文说了,不可能用于其它元素
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-23 09:53:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-23 03:27
Grimme参数指代不明
如果是D3或者D4,支持什么元素原文说了,不可能用于其它元素

DFT-D3,锕系元素目前在castep等软件没有色散矫正参数,我去UNIVERSITÄT BONN官网里查了DFT-D3的色散参数,但也是只涉及到周期表1-86号,而锕系元素刚好没有,我的计算体系包含锕系元素,并且必须使用色散矫正来修正范德华力,不知道站长有没有这方面的数据

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发表于 Post on 2024-7-24 04:38:42 | 只看该作者 Only view this author
zhangbo11011 发表于 2024-7-23 09:53
DFT-D3,锕系元素目前在castep等软件没有色散矫正参数,我去UNIVERSITÄT BONN官网里查了DFT-D3的色 ...

D3参数一直到94号元素都有,覆盖了部分锕系,看D3原文

对于其它元素,参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)的ppt:

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-24 10:35:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-24 04:38
D3参数一直到94号元素都有,覆盖了部分锕系,看D3原文

对于其它元素,参考北京科音中级量子化学培训班 ...

感谢您的回复,我有了解D3程序包含了(1-94)元素,可是我下载了最新版本的DFT-D3程序代码,里面没有写87-94号的色散系数C6和范德华半径R0,不知道是不是我水平有限而看不出来,D3程序包附上

dftd3.f

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发表于 Post on 2024-7-26 03:50:18 | 只看该作者 Only view this author
zhangbo11011 发表于 2024-7-24 10:35
感谢您的回复,我有了解D3程序包含了(1-94)元素,可是我下载了最新版本的DFT-D3程序代码,里面没有写87 ...

例如用这个AcTh双原子分子xyz文件作为例子,用独立的dftd3程序,执行dftd3 AcTh.xyz -func b-lyp -bj可以得到色散校正能,可见是支持锕系的
AcTh.xyz (30 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

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zhangbo11011 + 1 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-26 18:14:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zhangbo11011 于 2024-7-26 18:15 编辑
sobereva 发表于 2024-7-26 03:50
例如用这个AcTh双原子分子xyz文件作为例子,用独立的dftd3程序,执行dftd3 AcTh.xyz -func b-lyp -bj可以 ...

非常感谢站长回复我,可我想知道Th在N原子之间的色散系数C6和范德华半径R0,我不会使用这个程序,我只会将这个C6和R0写入CASTEP自定义的DFT-D中,然后执行CASTEP的DFT-D进行色散矫正,站在您可以告诉我这个Th元素的C6和R0嘛?最近一直因为这个问题而无法进行几何优化

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发表于 Post on 2024-7-26 23:34:38 | 只看该作者 Only view this author
zhangbo11011 发表于 2024-7-26 18:14
非常感谢站长回复我,可我想知道Th在N原子之间的色散系数C6和范德华半径R0,我不会使用这个程序,我只会 ...

C6不是固定的,DFT-D3依赖于配位数计算C6
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-30 10:53:26 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-7-28 20:21
这个月17号发布的论文Phys. Chem. Chem. Phys., 2024 (https://doi.org/10.1039/D4CP01514B) 附带的SI应该 ...

我也找到了这篇文章,可是我仔细阅读了支撑材料,发现只有范德华半径R0,可是C6没有发现,您有发现C6的数值嘛?

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发表于 Post on 2024-7-30 16:07:28 | 只看该作者 Only view this author
zhangbo11011 发表于 2024-7-30 10:53
我也找到了这篇文章,可是我仔细阅读了支撑材料,发现只有范德华半径R0,可是C6没有发现,您有发现C6的数 ...

C6还是得按实际化学环境来算。

要简单点就用已有的DFT-D3程序从输出中读取,参考社长的博文《DFT-D色散校正的使用》(http://sobereva.com/210),特别是第3节计算的操作;

要严格点就参考这个月17号专为钫镭和锕系的校正发布的论文Phys. Chem. Chem. Phys., 2024 (https://doi.org/10.1039/D4CP01514B)中的过程,或者社长的博文《使用Multiwfn计算原子的C6色散系数》(http://sobereva.com/709)的方法,从原子极化率出发算。

(前面那个回复太简略,自删了。因水平有限,本帖仅为指路用而无法提供具体协助,还请谅解。)
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-30 18:45:07 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-7-30 16:07
C6还是得按实际化学环境来算。

要简单点就用已有的DFT-D3程序从输出中读取,参考社长的博文《DFT-D色 ...

感谢您的仔细回复,我仔细参考了PCCP这篇文章关于Th元素的C6和R0,可是C6只有计算公式,没有具体相关配位环境的数值表,只有R0有相关配位环境的具体数值,哎,目前只掌握了R0,另外我去波恩大学官网查询了锕系元素的C6(aa),但只有与本身元素和H元素反应的体系C6,而且单位不明,链接在此:https://www.chemie.uni-bonn.de/g ... /refernce_molecules
还请大佬指明方向

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