高斯计算距离和计算面积重叠问题的咨询，谢谢指点

小范范1989

各位老师好，我计算一个二聚体，现在有以下两个问题，没找到好的解决办法，来请教老师，希望老师指点一二，谢谢。

背景：我合成了一种分子，结晶体结构有以下的一个排布。我想计算它的而具体来说明一些问题。如图。

我的主要问题如下：

一：能不能实现，沿着X轴（或者Y，或者Z）扫描两个笓基团间距离变化的时候，能量或者波长随距离的变化？同时保证两个笓基团间距离增加或者减小的时候，链接的两个分子一起动，且构型保持不变。类似于刚性扫描。或者是沿着Z轴（就是两个面的法线方向）转动的时候，能量或者波长变化，如何让他转呢？

这个是不是定义虚原子，然后调节两个虚原子之间的距离？还是如何弄呢？谢谢指点。

如果收到调节距离，然后计算单点，工程量有点大。

二：两个笓基团，这种重叠的部分如何算？我想计算的是投影面积重叠的部分占笓基团的百分比。

以上就是我的两个问题，还请老师多多指点，谢谢老师。

sobereva

1 直接用Gaussian里的扫描无法实现
必须自己写程序（或者手动操作），批量产生输入文件

2 虽然也有其它的看似更有意义的方法计算，但最简单的莫过于直接用ps，可以直接显示选定区域的面积，将两个恰当选定的区域相除即可

ggdh

使用MS手工操作的方法：
1.使用Sketch工具做出两个芘分子的best fit plane。
2.选中其中一个best fit plan，使用3D viewer 工具中的View Across使得best fit plane完全垂直于屏幕
3.全选一个分子，使用3D movement工具进行精确移动

小范范1989

sobereva 发表于 2018-10-27 16:46
1 直接用Gaussian里的扫描无法实现
必须自己写程序（或者手动操作），批量产生输入文件

偶，好的，明白了，谢谢sob老师指点。

小范范1989

ggdh 发表于 2018-10-27 19:58
使用MS手工操作的方法：
1.使用Sketch工具做出两个芘分子的best fit plane。
2.选中其中一个best fit pla ...

谢谢钟老师指点，我等去实验室用MS尝试一下。谢谢钟老师。