修改gro文件的某一组分的速度信息，md后，发现另一组分反向运动

lining

老师您好，我模拟的体系是氮气下的液滴运动问题，md步骤：首先修改了eq完之后的结构文件的速度信息，将所有氮气分子的速度设为2 0 0，水分子的速度设为0 0 0，然后进行md。md后输出轨迹文件，发现氮气分子按照事先设计好的速度运动，但水滴却逆着氮气运动方向运动（即沿x轴负方向运动），按正常来说，液滴可能静止或者跟着氮气运动，但轨迹中液滴却反向运动，十分诡异，请问这是什么原因造成的啊？附件是我的轨迹gif、eq.gro和md.mdp

sobereva

去掉comm-grps  = system再试

lining

sobereva 发表于 2020-7-6 11:43
去掉comm-grps  = system再试

好嘞老师，感谢您！

lining

sobereva 发表于 2020-7-6 11:43
去掉comm-grps  = system再试

老师您好，还有几个问题想要请教您，
1. 将comm-mode设为none，是否可以理解为整体质心是可以改变的啊？
2. 对于我这种情况，将comm-mode设为none，是否正确啊？
3. 讲义上写着comm-mode这条命令能够消除整体运动的方式，它深层的含义是啥啊？为啥有的时候需要设置消除整体运动啊？
希望老师有空帮忙解答一下，非常感谢您！

sobereva

lining 发表于 2020-7-7 09:05
老师您好，还有几个问题想要请教您，
1. 将comm-mode设为none，是否可以理解为整体质心是可以改变的啊？ ...

1 是
2 当然正确。要不然质心不动，A往左边移动自然会导致B往另一边移动，这和实际明显不符
3 由于数值计算误差、非键作用截断误差，会导致体系有不合理的漂移，这种不合理的整体移动才是需要被消除的

lining

sobereva 发表于 2020-7-8 03:39
1 是
2 当然正确。要不然质心不动，A往左边移动自然会导致B往另一边移动，这和实际明显不符
3 由于数值 ...

哦哦，懂了sob老师，非常感谢您的解答！

lining

sobereva 发表于 2020-7-6 11:43
去掉comm-grps  = system再试

sob老师您好，我将氮气初速度设为-10 0 0，发现md模拟过程中的速度降为-1.1 0 0 左右，按正常来说，初速度不会降低这么快吧，非常不解，附件中是eq.gro、md.mdp、md.xtc和md.gro，麻烦您百忙之中帮忙解答一下，非常感谢您！

sobereva

lining 发表于 2020-7-8 21:10
sob老师您好，我将氮气初速度设为-10 0 0，发现md模拟过程中的速度降为-1.1 0 0 左右，按正常来说，初速 ...

你得把热浴去掉啊

lining

sobereva 发表于 2020-7-9 06:58
你得把热浴去掉啊

好嘞老师，感谢您的解答！[握拳]

lining

sobereva 发表于 2020-7-9 06:58
你得把热浴去掉啊

sob老师您好，我模拟的是流动油相（己烷）中的水滴，eq完之后给eq.gro中的己烷加了1 0 0的速度，md用的是NVE系综，md完之后，导出md的温度和压力后，发现温度和压力完全偏离eq的温度和压力，我想问一下您，
1. md中的温度和压力发生了偏离是由于己烷被施加了速度导致的么？具体是啥原因呢？警告截图中的NOTE1没怎么看懂。
2. 这种偏离能否避免啊？若能避免，该如何操作呢？若不能避免，这种偏离是否会影响模拟的准确性啊？
附件是md轨迹的gif图（为了减少gif的文件大小，每隔20帧截的）、eq的温度和压力曲线图、md的温度和压力曲线图、eq.gro、md.mdp、生成md.tpr时的警告截图。
希望老师您有空帮忙看一下，万分感激！