[建模与可视化] 基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构（视频）

5万帖子	99 威望	5万 eV

积分: 112354

管理员

公社社长

发消息 Send PM

电梯直达 Go to

楼主

发表于 Post on 2018-11-13 09:17:21 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

|倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model

本视频演示如何利用VMD和GaussView基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构。这样的团簇结构在使用Multiwfn中的Hirshfeld surface分析、promolecular近似下的NCI分析和IGM分析研究分子晶体中的弱相互作用的时候都需要提供。
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

后记：这种抠团簇的方法已经完全过时了！下文介绍的Multiwfn的几何操作功能中已经直接有了抠团簇的选项，远比视频里的做法方便得多得多
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

以下两篇文章里的例子都用了Multiwfn的这个功能
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

评分 Rate

参与人数 Participants 1	eV +5	收起理由 Reason
chuan437	+ 5	赞！

查看全部评分 View all ratings

收藏 Add to favorites11

北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章！
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”：1号：18616395，2号：466017436，3号：764390338，搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加，合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog：http://sobereva.com（发布大量原创计算化学相关博文）
Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大的量子化学波函数分析程序）
ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

回复 Reply

举报 Report

返回列表 Return

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register