请问Amber的GPU加速对CPU敏感吗

alystone · 发表于 Post on 2017-3-4 21:05:46

如题，请问，Amber的pmemd.cuda模块对于CPU是单核还是多核运算是否敏感。今天安装上了cuda，不知道是直接用pmemd.cuda，还是用mpirun -np 12 pmemd.cuda 请用过的人赐教。

xpyp · 发表于 Post on 2017-3-4 21:16:14

自己测试下就知道了

laoman · 发表于 Post on 2017-3-8 17:10:37

本帖最后由 laoman 于 2017-3-8 17:12 编辑

我之前在超算上用过Tesla K80的GPU，软件检测到两个GPU单元，跑MD的时候核数设置越大速度还越慢，用mpirun -np 2 pmemd.cuda.MPI的时候是跑得最快的。

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-3-9 11:38:45

敏感的，NAMD的也很敏感。我自己的经验，只有openmm的引擎对CPU不太敏感

therotyonth · 发表于 Post on 2017-3-14 22:07:06

敏感，不推荐通过mpirun去跑，如果是多块GPU使用GPU并行版跑，

zjuhjx · 发表于 Post on 2017-5-13 03:14:53

听说是敏感

kunkun · 发表于 Post on 2018-11-27 10:25:26

本帖最后由 kunkun 于 2018-11-27 10:43 编辑

laoman 发表于 2017-3-8 17:10
我之前在超算上用过Tesla K80的GPU，软件检测到两个GPU单元，跑MD的时候核数设置越大速度还越慢，用mpirun ...

pmemd.cuda.MPI是针对多个GPU单元的吧？我测试了一下，cpu的线程数和GPU的块数1:1时较快。
pmemd.cuda -50ps 耗时 22s；
mpirun -np2 pmemd.cuda -50ps 耗时43s;
快2倍左右。

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