如何创建离子的GROMACS拓扑文件

ra2ghgzh

我想使用CGenFF生成一个分子的拓扑文件。该分子有一个羧酸基团，它会在水溶液条件下电离，因此整个分子带有一个负电荷。
使用CGenFF生成拓扑文件时需要上传分子的mol2文件，但是我不知道直接用GaussView生成的mol2文件如何能表示电荷数。

请各位教我，谢谢。

yjmaxpayne

先生成拓扑文件，bond这些不受影响。之后在生成好的itp里面修改电荷就行了。