求助蛋白质-多肽体系的相互作用能计算

po390 · 发表于 Post on 2021-4-7 19:28:26

本帖最后由 po390 于 2021-4-7 19:38 编辑

老师好，最近在做蛋白质和多个短肽分子的模拟计算，体系中有一个蛋白和50个短肽分子。计算蛋白和短肽的相互作用能时，LJ(SD)的量级可以达到10的20次方，且值是正的，而静电势也在负的15万左右（单位均为kj/mol），请问各位老师，这样是否正常？LJ的数值过大到底是什么原因？

先在此谢过！

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-8 03:10:51

没有LJ(SD)只有LJ(SR)
要么拓扑文件有问题，要么结构有问题，要么获得作用能的做法有问题

po390 · 发表于 Post on 2021-4-8 21:09:02

sobereva 发表于 2021-4-8 03:10
没有LJ(SD)只有LJ(SR)
要么拓扑文件有问题，要么结构有问题，要么获得作用能的做法有问题

非常感谢老师回复！笔误实在抱歉，下回一定注意！

拓扑文件用的是charmm官网的charmm36m，用pdb2gmx生成的，模拟过程正常，再检查了一遍应该没有问题。
相互作用能的计算方法参考论坛里提供的建议和教程（http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/09_analysis.html）计算的，不同序列多肽的体系中，有一个体系的相互作用能数值是在正常范围内的，但其他体系用同样的方法则LJ(SR)数值特别大。
不知道是否是多肽结构分布的问题，因为数值正常的体系，多肽发生聚集，多肽都分布一个团簇内，而其他不正常的体系，则是多肽分子都比较分散。

还想请教老师，是否这种多肽分散的情况导致相互作用能出现的问题？而且这样统计的数值是否还有参考价值？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-10 06:51:24

可以把短肽分成多个组，分别看看蛋白与不同的组之间的LJ(SR)都是多少，分解开来更容易查明原因

po390 · 发表于 Post on 2021-4-11 02:04:06

sobereva 发表于 2021-4-10 06:51
可以把短肽分成多个组，分别看看蛋白与不同的组之间的LJ(SR)都是多少，分解开来更容易查明原因

非常感谢老师！这个方法我试试！

再次感谢！

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