计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8701|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 请问amber里是如何处理sp碳的

[复制链接 Copy URL]

23

帖子

0

威望

235

eV
积分
258

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
如题,在用amber跑一个分子时遇到了问题,发现具体是氰基中的碳的问题,想问一下amber里是如何处理sp碳的,或者从哪可以找到?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-1-21 15:34:02 | 只看该作者 Only view this author
用antechamber产生拓扑文件,一看里面原子类型便知
GAFF力场里sp的碳的原子类型为c1
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

23

帖子

0

威望

235

eV
积分
258

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-22 11:12:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-21 15:34
用antechamber产生拓扑文件,一看里面原子类型便知
GAFF力场里sp的碳的原子类型为c1

谢谢sob老师!请问一下sob老师我用qmmm计算重整能,分成两层,输入文件如下
%chk=13E1.chk                                                                                             
%nprocshared=8                                                                                             
# p oniom(b3lyp/6-311G**:amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity iop(2/15=3) test opt=quadmac            

remark line goes here                                                                                      

0 1 0 1 0 1                                                                                                
C-ca--0.136271                                            -1    4.74000000    8.42000000    0.17500000 L  
C-ca--0.217096                                            -1    5.21000000    7.46000000    1.07500000 L  
H-ha-0.191740                                             -1    4.46000000    6.94000000    1.67500000 L  
H-ha-0.143885                                             -1    3.67000000    8.56000000    0.05500000 L  
C-ca--0.095101                                            -1    5.57000000    9.28000000   -0.49500000 L  
H-ha-0.137482                                             -1    5.19000000   10.11000000   -1.07500000 L  
C-ca--0.235974                                            -1    6.96000000    9.13000000   -0.31500000 L  
H-ha-0.163227                                             -1    7.57000000    9.82000000   -0.88500000 L  
C-ca-0.068796                                             -1    7.48000000    8.17000000    0.53500000 L  
C-ca-0.048744                                             -1    8.89000000    7.92000000    0.66500000 L  
C-ca-0.081330                                             -1    9.36000000    6.92000000    1.53500000 L  
.

.
.
HrmBnd1   ca   cc   cf     0.0000     0.0000
HrmBnd1   ca   cc   cc    67.7000   111.0400
HrmBnd1   cc   cc   cf    65.6000   123.9200
HrmBnd1   cc   cf   ha    49.3000   119.1600
HrmBnd1   cc   cf   cd     0.0000     0.0000
HrmBnd1   cf   cd   ss     0.0000     0.0000
HrmBnd1   cf   cd   cc     0.0000     0.0000
HrmBnd1   ha   cf   cd     0.0000     0.0000
HrmBnd1   cd   ss   cd    67.0000    89.9100
HrmBnd1   cd   cc   ha    48.4000   122.8900
HrmBnd1   cd   cc   cc    68.2000   114.1900
HrmBnd1   ss   cd   cc    63.6000   118.1700
HrmBnd1   ss   cd   cd    63.8000   115.0200
HrmBnd1   cc   cc   ss    63.8000   115.0200
HrmBnd1   ha   cc   cc    46.6000   123.7400
HrmBnd1   cc   ss   cc    67.0000    89.9100
HrmBnd1   cc   cd   cd    68.2000   114.1900
HrmBnd1   ss   cc   cd    63.6000   118.1700
HrmBnd1   ss   cc   ca    64.9000   111.0900
HrmBnd1   cd   cd   c3    64.7000   115.9700
HrmBnd1   cd   c3   ca    65.2000   108.0800
HrmBnd1   cd   cc   ca    68.2000   113.5100
HrmBnd1   c3   cd   cc    64.8000   119.4500
HrmBnd1   c3   ca   ca    63.8000   120.6300
HrmBnd1   ca   c3   ca    63.6000   112.4700
HrmBnd1   ca   c3   hc    47.0000   110.1500
HrmBnd1   hc   c3   hc    39.4000   108.3500



最后Log文件的报错信息如下:

   1025          6        1000        1.160000   -3.250000  -19.235000                        
   1026          7    90000002        0.650000   -2.280000  -19.045000                        
   1027          6        1000        2.680000   -4.410000  -20.545000                        
   1028          7    90000002        3.260000   -4.390000  -21.515000                        
   1029          6    20001003        2.010000   -7.000000  -19.085000                        
   1030          6    20001003        1.130000   -7.950000  -18.645000                        
   1031          6    20001003        1.210000   -9.310000  -19.135000                        
   1032          6    20001003        0.180000  -10.260000  -18.925000                        
   1033          6    20001003        0.200000  -11.510000  -19.545000                        
   1034          6    20001003        1.220000  -11.890000  -20.385000                        
   1035          6    20001003        2.260000  -10.960000  -20.555000                        
   1036          1    20001033        3.050000  -11.280000  -21.235000                        
   1037          1    20001033        1.170000  -12.830000  -20.935000                        
   1038          1    20001033       -0.720000  -12.090000  -19.465000                        
   1039          1    20001033       -0.740000  -10.040000  -18.395000                        
   1040          6    20001003        2.330000   -9.690000  -19.915000                        
   1041          6    20001003        3.430000   -8.780000  -20.025000                        
   1042          6    20001003        3.280000   -7.420000  -19.465000                        
   1043          6    20001003        4.400000   -6.580000  -19.425000                        
   1044          1    20001033        4.310000   -5.550000  -19.075000                        
   1045          6    20001003        5.650000   -7.080000  -19.845000                        
   1046          1    20001033        6.490000   -6.390000  -19.905000                        
   1047          6    20001003        5.800000   -8.270000  -20.415000                        
   1048          1    20001033        6.750000   -8.600000  -20.805000                        
   1049          6    20001003        4.710000   -9.160000  -20.515000                        
   1050          1    20001033        4.850000  -10.140000  -20.945000                        
---------------------------------------------------------------------                        
Rotational constants (GHZ):      0.0006196      0.0003837      0.0003317                     
ONIOM: saving gridpoint 17                                                                    
ONIOM: generating point  3 -- low level on real system.                                       
Standard basis: Dummy (5D, 7F)                                                               
  1050 basis functions,  1050 primitive gaussians,  1050 cartesian basis functions            
   833 alpha electrons      833 beta electrons                                                
       nuclear repulsion energy     53619.7660872314 Hartrees.                                 
NAtoms= 1050 NActive= 1050 NUniq= 1050 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T            
Integral buffers will be    131072 words long.                                                
Raffenetti 1 integral format.                                                                 
Two-electron integral symmetry is turned off.                                                
AMBER calculation of energy and first derivatives.                                            
Atom I=    27 has type=        1000.                                                         
MMAtmC is confused about an atom type.                                                        
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/g09/G09E/g09e/l402.exe at Wed Jan  2 23:00:29 2019.  


根据这个报错信息,找到是氰基里面的碳原子(gaff力场定义为ch)有问题,请问一下我可以怎么改

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 07:53 , Processed in 0.161754 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list