使用lincs中constraints=h-bonds选项时，如何只实现水分子的O和H的限制呢

wanse · 发表于 Post on 2019-1-17 22:17:57

我研究的是水分子流过带羟基的孔，对于水分子想使用Lincs算法，对孔上的羟基使用的柔性力场，不想限制住羟基氧氢键，这是我写的constraints部分，但是羟基的OH键是没办法实现柔性，我改怎么写更合理呢。

constraints             = h-bonds
constraint-algorithm    = lincs
unconstrained-start    = no
Shake-SOR             = no
shake-tol             = 1e-04
lincs-order             = 4
lincs-iter             = 1
lincs-warnangle       = 30
morse                   = no

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-18 00:06:13

gmx默认就是用SETTLE算法约束的刚性水。因此constraints什么都不用写

wanse · 发表于 Post on 2019-1-18 15:27:25

sobereva 发表于 2019-1-18 00:06
gmx默认就是用SETTLE算法约束的刚性水。因此constraints什么都不用写

好的，谢谢sob老师

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[GROMACS] 使用lincs中constraints=h-bonds选项时，如何只实现水分子的O和H的限制呢