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[Gaussian/gview] 进行ONIOM计算时,Link atom需要加上电荷吗?

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想请教各位前辈一个问题,我们在进行ONIOM计算蛋白质结构优化时,High layerLow layer 交界的link atom需要加上电荷吗? 如果需要,该如何决定?

High layerLow layer 交界: Glutamate alpha碳与beta碳上

如附图:

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发表于 Post on 2019-1-22 14:36:31 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-22 16:04:50 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,会有疑问主要是从Gaussian的范例中,其Link atom是有设定电荷的。
还有另一个问题,如果link atom不设定电荷的话,link atom 的电荷是预设为0,这样High layer部分MM设定的电荷会有偏差,是否影响计算结果?

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发表于 Post on 2019-1-22 16:59:54 | 只看该作者 Only view this author
Oscar 发表于 2019-1-22 16:04
谢谢老师,会有疑问主要是从Gaussian的范例中,其Link atom是有设定电荷的。
还有另一个问题,如果link  ...

用不着管那个,没必要
反倒是设了我认为才莫名其妙,MM静电相互作用没法恰当抵扣,因为本来MM算real体系的时候也不存在那个link atom
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