PACKMOL-GUI-通过VMD实现可视化

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2025-1-12 10:09:05

https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c01639
在 VMD 程序中设计了一个名为“PACKMOL-GUI”的开箱即用插件，以解决 PACKMOL 中缺少图形界面的问题。利用 Tcl/Tk 工具包的动态可扩展性的 VMD 插件，此 GUI 提供分子约束的可视化表示，协助通过用户面板生成输入文件，随后调用 PACKMOL 以实现所需的结果。该 GUI 允许通过直观的用户面板配置所有 PACKMOL 参数，同时还允许通过 VMD 软件可视化分子结构和几何约束。PACKMOL-GUI 的开发有望扩大 VMD 和 PACKMOL 的用户群，同时提高构建复杂分子系统的效率。

喜欢VMD和PACKMOL的小伙伴可以试试。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-1-12 11:02:12

在PACKMOL-GUI这个仓库有公开的源代码，这点就比某GEMS要强。隔壁Avogadro也有个packmol插件可以比一比。

信不信我也曾经幻想过整这种活发论坛帖的，没想到认真做好的工作量足够发论文了

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2025-1-12 11:15:05

https://github.com/MSM-RAD-X-VMD-Plugin/PACKMOL-GUI

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