实验证明与分子对接结果不符合

rookie · 发表于 Post on 2021-4-25 23:08:36

请教下各位老师，我研究的是两个小分子与蛋白之间的作用，以及看它们之间有没有竞争作用。所以我做了以下步骤
1.A和蛋白反应
2.B与蛋白反应
3.AB同时放进去

对应的是，对接步骤为
1. A与蛋白对接
2. B与蛋白对接
3. 用A与蛋白最优结果作为新的蛋白，与B对接
4. 用B与蛋白最优结果作为新的蛋白，与A对接

现在问题是，现实实验中，得到的数据是A在蛋白进行非键作用，B在蛋白外面进行非键作用
但是对接给出的结果是,单独A与B的最优位置是一致的，都是在内部。
然后我看该蛋白的晶体结构，小分子基本都是在内部的

所以现在问题就是实验证明与对接不符合，应该怎么办，求助一下

panernie · 发表于 Post on 2021-4-25 23:22:09

关于3和4，最优结果作为新的蛋白是什么意思？指的是复合物吗？如果让复合物再去跟B对接，为什么不做个MDS优化，然后取稳定的构象再去B对接。步骤4如上。
关于小分子的基本都是在内部的，这是正常的。如果不符合你的实验预期，是因为你没有选择合适的构象。因此根据实验结果去选择符合预期的对接模型去解释问题，而不是选择结合能最强的模型。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2021-4-26 01:20:59

什么实验证据能说明B是在蛋白质外围结合的？外围的单一位点还是结合根本不特异？

vandenberg · 发表于 Post on 2021-9-1 11:10:45

panernie 发表于 2021-4-25 23:22
关于3和4，最优结果作为新的蛋白是什么意思？指的是复合物吗？如果让复合物再去跟B对接，为什么不做个MDS优 ...

老师，MDS优化是什么过程，怎么做呢？

wyb · 发表于 Post on 2021-9-1 14:30:38

使用最新版的autodock vina，可以同时对接多个小分子在同一个蛋白。

panernie · 发表于 Post on 2021-9-1 21:09:28

vandenberg 发表于 2021-9-1 11:10
老师，MDS优化是什么过程，怎么做呢？

分子动力学模拟

vandenberg · 发表于 Post on 2021-9-2 08:41:52

panernie 发表于 2021-9-1 21:09
分子动力学模拟

THX

nianbin · 发表于 Post on 2021-11-5 01:11:05

liyuanhe211 发表于 2021-4-26 01:20
什么实验证据能说明B是在蛋白质外围结合的？外围的单一位点还是结合根本不特异？

同问

gkxiao · 发表于 Post on 2022-1-13 23:23:05

基于放射性配基或SPR的竞争性实验，是金标准，计算根本不能与之相比。如果你有化合物，做实验就比计算便宜且靠谱；如果你的化合物购买不到，需要合合成才能测试的话，计算也许会更“便宜“一些。最重要的是，目前的方法，如果已经知道结合模式而假装不知道，用软件去重现实验已经确认的结合模式，打分最佳的那个是对的概率只有40-60%左右，所以不要相信计算。除非你有能力识别计算是否靠谱。

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