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[GROMACS] 请问一下大家grompp中遇到的unknow bond_atomtype是什么问题

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楼主
fatal error: unknow bond_atomtype Co_mol。我知道atomtype问题是因为原子没有定义,但是这个bond_atomtype我就不知道是怎么回事了。Google了一下也没看太明白,我想知道出现这个问题的话应该是修改力场的哪个文件?谢谢大家。用的charmm力场,atomtype已经添加了原子定义,也修改了ffbonded文件,不知道还应该修改哪里。麻烦懂的人点拨一下,谢谢。

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发表于 Post on 2019-4-21 21:33:47 | 只看该作者 Only view this author
光修改atomtype可远远不够,如果未定义的原子和其它原子有成键的话。
一个新化学键的出现除了atomtype之外,还有bondtype bondlength(记不清是不是这么写了)等等一大堆的参数需要补,而且可能还有键角、二面角等等的。
总之从头补参数相当繁琐的。
个人建议是如果你那个原子不是特别奇葩的原子,可以找找别的如COSMO力场等等,有对那个原子原生定义的,省得你一个一个参数去补。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-22 09:01:43 | 只看该作者 Only view this author
tomwong4253 发表于 2019-4-21 21:33
光修改atomtype可远远不够,如果未定义的原子和其它原子有成键的话。
一个新化学键的出现除了atomtype之外 ...

谢谢你。我也添加了ffbonded的数据,但是ffnonbonded里面我没有修改   跟ffnonbonded没修改这个有关系吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-22 09:02:23 | 只看该作者 Only view this author
tomwong4253 发表于 2019-4-21 21:33
光修改atomtype可远远不够,如果未定义的原子和其它原子有成键的话。
一个新化学键的出现除了atomtype之外 ...

另外我的是Co原子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-22 10:54:30 | 只看该作者 Only view this author
问题已解决,谢谢大家。   问题出现的原因是没有在ffnobonded中定义相关的原子及其LJ势能参数,把这个添加进去后就可以正常grompp了。

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