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[GROMACS] 动力学模拟中非周期性边界条件该如何设置参数?

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请问老师,动力学模拟中非周期性边界条件该如何设置参数?

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发表于 Post on 2019-1-30 15:48:56 | 只看该作者 Only view this author
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的标题“非周期性边界条件”改了,望以后注意
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发表于 Post on 2019-1-30 15:49:27 | 只看该作者 Only view this author
你这个问题太不确切
得说清楚什么体系,算什么问题,你要问的是哪些参数的设定
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-25 09:31:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-30 15:49
你这个问题太不确切
得说清楚什么体系,算什么问题,你要问的是哪些参数的设定

老师,我计算的是CO2在离子液体中溶解度考察,我之前跑其他体系动力学在能量最小化中用的都是pbc=xyz ; Periodic Boundary Conditions。 但我看的文献中用的是非周期性边界条件,我想问一下参数该怎么写?恳请老师指导一下。

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发表于 Post on 2019-2-25 13:28:04 | 只看该作者 Only view this author
晴天 发表于 2019-2-25 09:31
老师,我计算的是CO2在离子液体中溶解度考察,我之前跑其他体系动力学在能量最小化中用的都是pbc=xyz ; P ...

看具体怎么建立模型,当前问题恰当建模在PBC下模拟完全可以。
不用PBC才显得莫名其妙,CO2可能都自发跑到无穷远去了,根本都没法考察溶解
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-25 22:00:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-25 13:28
看具体怎么建立模型,当前问题恰当建模在PBC下模拟完全可以。
不用PBC才显得莫名其妙,CO2可能都自发跑 ...

老师,周期性边界条件pbc处写xyz,若是非周期性边界条件应该怎么写呢?我是这里不会。

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发表于 Post on 2019-2-26 00:36:34 | 只看该作者 Only view this author
晴天 发表于 2019-2-25 22:00
老师,周期性边界条件pbc处写xyz,若是非周期性边界条件应该怎么写呢?我是这里不会。

pbc = no
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-26 08:14:49 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,哈哈。

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