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[GROMACS] 求助锂金属和电解液的固液界面模拟

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老师您好,我想做锂金属和电解液的界面模拟。利用MS得到锂金属的界面,然后里面packmol将电解液和界面放在盒子里如下图1,然后我在文献中找到锂金属的力场参数。
但是在进行最小化模拟的过程中整个体系都乱了,这个要怎么解决啊?

202307131359167252..png (333.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 65)

图2

图2

202307131358035829..png (277.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

图1

图1

atomstyle.itp

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DME.itp

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DOL.itp

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em.gro

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em.mdp

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slap.itp

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slap.top

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system.gro

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TFSI.itp

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发表于 Post on 2023-7-13 14:38:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2023-7-13 14:41 编辑


检查一下include 和molecules 中出现的顺序是否一致

又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-13 15:07:11 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-7-13 14:38
检查一下include 和molecules 中出现的顺序是否一致

感谢回复,那个是没问题的

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发表于 Post on 2023-7-13 16:50:51 | 只看该作者 Only view this author
你atomstyle.itp中LI1金属原子的sigma和epsilon写反了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-13 17:16:52 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2023-7-13 16:50
你atomstyle.itp中LI1金属原子的sigma和epsilon写反了

是的,我换了一下就可以正常工作了,太谢谢了

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发表于 Post on 2023-7-13 17:36:32 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-7-13 17:16
是的,我换了一下就可以正常工作了,太谢谢了


我们最近的一个工作也模拟了电极电解液界面的离子分布(Zn/H2O体系),如果有帮助可以引用
Adv. Funct. Mater. 2022, 2212446

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-13 17:44:34 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2023-7-13 17:36
我们最近的一个工作也模拟了电极电解液界面的离子分布(Zn/H2O体系),如果有帮助可以引用
Adv. Funct ...

好的,我学习下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-13 17:45:41 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2023-7-13 17:36
我们最近的一个工作也模拟了电极电解液界面的离子分布(Zn/H2O体系),如果有帮助可以引用
Adv. Funct ...

您好,我在做结构优化的时候,发现那个锂层的原子有点移动,应该做些什么处理嘛?

202307131745378135..png (405.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

202307131745378135..png

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发表于 Post on 2023-7-14 07:31:09 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-7-13 17:45
您好,我在做结构优化的时候,发现那个锂层的原子有点移动,应该做些什么处理嘛?

可以试试先对金属层进行一个NPT模拟(不要能量极小化,可能会变形),平衡后再和电解液盒子拼接。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-14 10:19:36 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2023-7-14 07:31
可以试试先对金属层进行一个NPT模拟(不要能量极小化,可能会变形),平衡后再和电解液盒子拼接。

好的,我试试

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发表于 Post on 2024-2-12 17:40:57 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2023-7-14 07:31
可以试试先对金属层进行一个NPT模拟(不要能量极小化,可能会变形),平衡后再和电解液盒子拼接。

您好,方便问一下这个拼接具体是怎么拼接的嘛?怎么保障边缘的原子不会重叠呢?

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发表于 Post on 2024-3-22 16:15:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JIN0124 于 2024-3-22 17:49 编辑

您好,

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发表于 Post on 2024-9-4 14:28:29 | 只看该作者 Only view this author
您好,我想问一下楼主的packmol.inp建模文件是什么样的?我不太清楚这个盒子怎么设置

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发表于 Post on 2024-9-5 20:22:11 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2023-7-13 17:36
我们最近的一个工作也模拟了电极电解液界面的离子分布(Zn/H2O体系),如果有帮助可以引用
Adv. Funct ...

A constraint potential (force constant = 1 × 105 kJ mol-1) in the x, y and z axes for Zn atoms in the electrode was used to maintain the structure of metallic zinc.请问您文献中的这个一部分是怎么设置参数的啊?

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发表于 Post on 2025-5-9 10:22:17 | 只看该作者 Only view this author
mouyulan 发表于 2024-9-5 20:22
A constraint potential (force constant = 1 × 105 kJ mol-1) in the x, y and z axes for Zn atoms in ...

同问

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