gmx gangle计算质心的角度变化求助

landian666 · 发表于 Post on 2021-11-17 17:29:18

怎么计算体系中三个多原子分子质心的角度随时间的变化？感觉要用选区命令，但是研究半天语法总是不对。请教各位如何做才可以~~

lyj714 · 发表于 Post on 2021-11-17 17:59:09

本帖最后由 lyj714 于 2021-11-17 18:24 编辑

如果你对选择语法很难理解，我建议自己写程序分析轨迹，比如可以先导出分子质心坐标（gmx traj），然后自己算两个向量的点乘即可。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-18 05:53:08

这种简单的轨迹结构分析问题我一般都自己写VMD tcl脚本，自己写比学用gangle更省事，还可以按需灵活定制

landian666 · 发表于 Post on 2021-11-19 09:15:29

sobereva 发表于 2021-11-18 05:53
这种简单的轨迹结构分析问题我一般都自己写VMD tcl脚本，自己写比学用gangle更省事，还可以按需灵活定制

还有个问题想请教一下，我想用下面命令先用gmx_mpi select 得到13、15、14组的质心索引，然后再用gmx_mpi gangle得到三个质心组成的角度随时间的变化，以15的质心为角的顶点，下面有哪里出错了吗？用的时候不成功
gmx_mpi select -f step5-whole-nojump.xtc -s step5.tpr -n index.ndx -oi angle.dat -on angle.ndx -select "com of group 13 plus com of group 15 plus com of group 14 permute 1 2 3"

gmx_mpi gangle -f step5-whole-nojump.xtc -s step5.tpr -n index.ndx -sf angle.dat -oav angaver.xvg -oall angles.xvg -oh anghist.xvg -g1 angle -selrpos mol_com -group1

wxx18879173572 · 发表于 Post on 2023-4-19 15:12:38

gmx_mpi gangle -f step5-whole-nojump.xtc -s step5.tpr -n index.ndx -g1 vector -group1"com of group 13 plus com of group 15 " -g2 vector -group2"com of 13 plus com of 14" -oav angaver.xvg -oall angles.xvg -oh anghist.xvg

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