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[Molclus] molclus和genmer在服务器上的使用问题

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楼主
我的系统是 SUSE Linux Enterprise Server 10 (x86_64)登录root账户,执行./molclus 或 ./genmer后,出现以下提示:
error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory


是说我的服务器上缺少libgfortran.so.3这个编译器么?我在网上搜索了一下,没发现适用于我的Linux系统的libgortran.so.3安装包,那该怎么解决这个问题?请行家解惑,谢谢!!

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发表于 Post on 2016-5-25 18:12:58 | 只看该作者 Only view this author
在机子里装上gcc包就行了,gcc包里包括gfortran。缺的这个就是gfortran库文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-25 23:46:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 vigaryang 于 2016-5-25 23:47 编辑
sobereva 发表于 2016-5-25 18:12
在机子里装上gcc包就行了,gcc包里包括gfortran。缺的这个就是gfortran库文件

谢谢sob老师。我用gcc -v命令查看了下,发现已经安装了gcc 4.1.2。那么是不是说必须安装更高版本的gcc包才行?

为此,我参照一篇教程尝试安装gcc-4.5.0,安装结束后,输入gcc -v,发现仍然后是gcc 4.1.2。百思不得其解。
(所参照的教程是:http://wangjunle23.blog.163.com/blog/static/117838171201211522247960/)

我是linux小白,虽然自己在网上看了很多攻略并进行了尝试,无奈总是出错,不得不屡次打扰sob老师,很抱歉~

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发表于 Post on 2016-5-26 00:35:11 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2016-5-25 23:46
谢谢sob老师。我用gcc -v命令查看了下,发现已经安装了gcc 4.1.2。那么是不是说必须安装更高版本的gcc包 ...


你输入gfortran看提示什么
gcc(GNU Compiler Collection)是个包,里面有gcc(GNU C Compiler)这个C语言编译器,也有gfortran这个Fortran语言编译器,还有些其它杂的。如果你没装其中的gfortran也是白搭
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-26 11:10:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 vigaryang 于 2016-5-26 13:44 编辑
sobereva 发表于 2016-5-26 00:35
你输入gfortran看提示什么
gcc(GNU Compiler Collection)是个包,里面有gcc(GNU C Compiler)这个C ...

输入gfortran -v后,显示如下:
node5:~ # gfortran -v
Using built-in specs.
Target: x86_64-suse-linux
Configured with: ../configure --enable-threads=posix --prefix=/usr --with-local-prefix=/usr/local --infodir=/usr/share/info --mandir=/usr/share/man --libdir=/usr/lib64 --libexecdir=/usr/lib64 --enable-languages=c,c++,objc,fortran,obj-c++,java,ada --enable-checking=release --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.1.2 --enable-ssp --disable-libssp --disable-libgcj --with-slibdir=/lib64 --with-system-zlib --enable-shared --enable-__cxa_atexit --enable-libstdcxx-allocator=new --program-suffix= --enable-version-specific-runtime-libs --without-system-libunwind --with-cpu=generic --host=x86_64-suse-linux
Thread model: posix
gcc version 4.1.2 20070115 (SUSE Linux)


另一方面,我尝试输入find / -name libgfortran.so.3,出现以下结果:

/home/program/ansys12/v121/aisol/CFXMeshApplet/lib/linux/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/CFX/lib/linux-amd64/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/CFX/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.3.0/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/CFX/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/CFX/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib64/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/TurboGrid/lib/linux-amd64/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/TurboGrid/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.3.0/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/TurboGrid/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib/libgfortran.so.3
/home/program/ansys12/v121/TurboGrid/tools/gcc-4.3.0-1/Linux-amd64/lib64/libgfortran.so.3
/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib/libgfortran.so.3
/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib64/libgfortran.so.3
/home/program/GFortran/gcc/gcc-trunk/lib/libgfortran.so.3
/home/program/GFortran/gcc/gcc-trunk/lib64/libgfortran.so.3


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发表于 Post on 2016-5-26 16:47:24 | 只看该作者 Only view this author
那你把/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib/加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里,让系统找动态库的时候能找到
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-26 18:43:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-26 16:47
那你把/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib/加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里,让系统找动态库的时候能找到

sob老师,我把路径加到环境变量里了,此时再执行./molclus,错误信息变成了:Floating point exception。
网上有人说这是因为molclus软件的编译版本比我的服务器更高而导致,不知如何处理

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发表于 Post on 2016-5-26 20:07:36 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2016-5-26 18:43
sob老师,我把路径加到环境变量里了,此时再执行./molclus,错误信息变成了:Floating point exception。 ...

molclus.rar (262.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)
你看看这个ifort编译的你能否运行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-26 22:36:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 vigaryang 于 2016-5-26 22:39 编辑
sobereva 发表于 2016-5-26 20:07
你看看这个ifort编译的你能否运行

这个好像可以了!只是提示“forrtl: No such file or directory”而已,应该是缺少molclus的输入文件所致吧谢谢sob老师!不知这个是免费版还是付费版?我的学生前几天付费购买了linux版本的molclus(含genmer和gentor)。那我让这个学生向您回个邮件?由于我之前输入./genmer时也存在同样的问题,因此能否也提供genmer和gentor的ifort编译版本?

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发表于 Post on 2016-5-26 23:54:36 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2016-5-26 22:36
这个好像可以了!只是提示“forrtl: No such file or directory”而已,应该是缺少molclus的输入文件所致 ...


你让他发邮件给我,我给他ifort编译的完整版,包括genmer和gentor
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发表于 Post on 2019-3-5 22:22:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-26 16:47
那你把/home/program/GFortran/gcc-4.4/lib/加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里,让系统找动态库的时候能找到

sob老师,您好,molclus_1.6_linux安装问题,我们计算是用的超算,看完molclus的使用说明有以下问题:1、启动molclus,在linux中怎样启动molclus呢,2、molclus调用高斯,对于linux版Gaussian,settings.ini中gaussian—path已经改为gaussian_path= "/gpfs1/share/apps/g09/g09",molclus使用说明中“前提是程序所在目录已经加入到了PATH环境”不太懂是什么意思,是不是要在.bashrc中加入Gaussian的环境变量,是不是要添加以下内容
export g09root=/gpfs1/share/apps
export GAUSS_EXEDIR=$g09root
export GAUSS_SCRDIR=/gpfs1/home/phy/tmp


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发表于 Post on 2019-3-6 07:26:10 | 只看该作者 Only view this author
xiaojingling016 发表于 2019-3-5 22:22
sob老师,您好,molclus_1.6_linux安装问题,我们计算是用的超算,看完molclus的使用说明有以下问题:1、 ...

1 这属于Linux常识知识
把上一节得到的traj.xyz拷到molclus所在目录下。如果是Windows版,直接双击molclus.exe。如果是Linux版,进入molclus文件夹,输入./molclus。然后molclus就开始运行了。

2 你安装Gaussian的方法是错的,该怎么正确安装看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

Linux下正规方式配置了Gaussian,则直接输g09就能启动Gaussian09。gaussian_path里写绝对路径也可以
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