求助：关于使用polymatic建立pDCPD交联网络以及resp电荷的计算

古德猫宁341

各位老师好，我最近在学习用polymatic建立交联聚双环戊二烯（pDCPD）的模型。
整个流程是这样的：DCPD的结构如图 ，我按照文献上的做法，将含有3个一次开环后DCPD的结构作为linear segment ，将二次开环后的DCPD作为cross-linker ，图中虚线圈起来的部分是交联位点，然后使用polymatic进行聚合生成交联网络 。在polymatic中，需要把生成新键的原子进行标记，我把linear segment中的交联位点上的2个碳原子标记为LC1，cross-liner上交联位点的4个碳原子标记为LC2。按照聚合过程，LC1和LC2之间会形成一个双键。
现在我遇到了一些问题：

• 文献使用的力场是gaff力场。由于polymatic在形成新键之后好像不会把多余的氢原子去除，因此我在聚合之前手动把多余的氢原子去掉了（顺便问一下这样做是否合理），每个LC1和LC2上都剩下1个氢原子。请问在聚合前，LC1,LC2以及它们连有的氢原子的原子类型是否应当设置为c3和hc？我用antechamber对交联后的这4个原子（图中红色圈起来的部分）进行指认，发现它们的原子类型分别为c2和ha。这是否说明这两个氢原子的原子类型也发生了变化？如果是的话polymatic中怎么设置这个氢原子的变化呢？
• 我按照文献上的做法，将linear segment和cross-linker的数量比设为2:1，最后虽然所有的片段都连接在一起了，但是部分cross-linker的交联位点只连接了1、2或者3个linear segment。我想请教一下对于这个体系应该如何计算resp电荷？我看了以前论坛上发的帖子，还是不太明白，这个交联网络好像没法分割成一个个重复单元来进行计算。
  

提前感谢各位老师的指导，谢谢。

294459463

您好，我最近再学习polymaitc的使用，请问polymatic中修改交联反应是只需要定义好相关的交联对象、还有数据文件就行了吗？您能简单讲一下具体的准备流程吗？

古德猫宁341

294459463 发表于 2025-3-20 09:46
您好，我最近再学习polymaitc的使用，请问polymatic中修改交联反应是只需要定义好相关的交联对象、还有数据 ...

我懂的也不多，不过我可以简单讲一下我建模的过程，有关参数的设置可以参考一下polymatic的手册。
流程大概是这样的：1.我的体系是由两种不同的片段组成的，所以我分别建立了两种片段的模型（去掉了多余的氢），然后把模型中的对应的“反应原子”进行标记；2.把这两个片段以一定的比例混合，建立一个data文件（可以用VMD或者moltemplate等工具），力场参数里面需要包含现有的未反应的片段，以及交联后结构的所有参数；3.准备polym.in和type.txt文件（手册里有）；4.运行polymatic。
感觉总体流程和手册中的例子差不多。

294459463

古德猫宁341 发表于 2025-3-20 16:49
我懂的也不多，不过我可以简单讲一下我建模的过程，有关参数的设置可以参考一下polymatic的手册。
流程 ...

感谢您的讲解，因为我是才接触了半个多月相关计算，对于polymatic是这周才用到的，再向您请教几个很小白的问题，就是我自己需要准备哪些文件呢?需要修改哪些文件中的内容呢？
还有一个问题，以数据包中的例6为例，您能说一下怎么去运行这个例6，最后是通过python运行polymatic还是运行poly_loop.py呢？