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[Amber] 使用TIP4P水模型如何构建水团簇初始构型求助

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学习amber搜索分子团构象,以下文献使用TIP4P模型,请问如何使用该模型构建水团簇初始构型,如(H2O)6?


谢谢!


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发表于 Post on 2019-4-17 18:21:36 | 只看该作者 Only view this author
构建模型的时候用不着考虑是几点水模型,算的时候才考虑
对于获得水团簇构型目的,用这种水模型还是非常粗糙。
这类问题直接用genmer+molclus结合xtb做快速筛选,然后用B3LYP-D3(BJ)/TZVP对筛出来的一批(比如几十个)进一步优化,最后用更高级别算最后筛出来的一些结构的高精度单点,是最佳搜索过程,实现起来极为容易,看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.htmlhttp://sobereva.com/312

用MD产生初始构型也完全可以,但没必要对水模型过于追究,毕竟只是产生初猜而已,这里有实际的基于MD的水团簇搜索例子:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-18 19:36:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-17 18:21
构建模型的时候用不着考虑是几点水模型,算的时候才考虑
对于获得水团簇构型目的,用这种水模型还是非常粗 ...

谢谢社长回复。
我主要是想学习amber使用方法,练习重复文献中的数据。
社长提到的方法对于中性体系比较好。贴子中也提到对带电体系不好处理。

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发表于 Post on 2019-4-19 03:31:34 | 只看该作者 Only view this author
hzamber 发表于 2019-4-18 19:36
谢谢社长回复。
我主要是想学习amber使用方法,练习重复文献中的数据。
社长提到的方法对于中性体系比 ...

搜索带电体系团簇结构你就用genmer产生团簇初始结构,然后molclus+xtb处理就行了,很可靠而且速度快
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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