vmd中的rmsd calculator 的align问题求助

molly85

在linux 的vmd中使用 rmsd  calculator ：
       我现在有结合态的受体配体复合物pdb文件:bound_com.pdb,单体态的配体pdb文件：apo_lig.pdb，想计算两个文件的配体的rmsd值。  两个文件的配体残基序号不同。
       尝试过的方法：
       （1）修改了单体态配体的残基序号，与结合态的残疾序号保持一致，但是仍无法无法显示newcartoon,无法align，无法计算rmsd值
      问题：
       （1）是否可以将不同残基序号相同氨基酸数目的两个分子进行align,然后计算其rmsd值。
       （2）如果（1）行不通，怎么才能比较两种状态下的配体的newcartoon图像的不同，align 之后计算rmsd值

sobereva

VMD只需要选择语句选择的被计算RMSD的那部分区域，在两个体系中原子顺序一致，就可以算RMSD和align。基于这一点，结合实际情况变通

molly85

多谢分享，按照你的思路已经解决了。

ffff

请问有尝试使用VMD中timeline插件计算 per residue RMSD与RMSF 吗？ 我目前没有搞明白这两个计算结果的定义，查了好一会没查到timeline插件相关的介绍。