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[Amber] 求助-AMBER_OL15力场和CHARMM27力场,哪个更适合DNA结构的模拟

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求助-AMBER_OL15力场和CHARMM27力场,哪个更适合DNA结构的模拟
老师好,我最近尝试在用AMBER_OL15和CHARMM27力场来跑一个DNA结构(是G-四聚体的构型),G-四聚体中心会放置一个金属离子(例如二价钙离子,镁离子之类的)。模拟之后发现,DNA的结构在AMBER_OL15力场下结构维持较好,而同样条件下在CHARMM27下,结构就很容易散乱。这两种力场下呈现出两种不一样的结构效果,让我不确定哪种更合理。因此不确定用哪一种力场来模拟DNA结构更合适,想在此请假一下老师。

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发表于 Post on 2024-6-27 16:55:46 | 只看该作者 Only view this author
可以先找比較dna力場的文獻
Google搜一下有就有很多比較charmm和amber DNA 力場的文章

Yet to be strong in theory, yet to have enough practical skills.
Still I am having fun with MD simulation.

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发表于 Post on 2024-6-28 05:39:29 | 只看该作者 Only view this author
绝对别用CHARMM27

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-28 16:42:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-28 05:39
绝对别用CHARMM27

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_cont ...

好的好的,明白啦,非常感谢老师!

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