请教H质子转移机理和轨迹？

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-5-10 15:34:17

老师，我想请教一下我找H质子从客体A到催化剂受体B之间的过渡态怎么也找不到，A-H中间体可以优化收敛，但是B-H中间体优化过程中就跑成了A-H，做能垒图只能是A-H中间体直接到产物，我现在想研究下这个H的脱去的机理和它的运动轨迹我应该计算什么呢？谢谢

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2019-5-11 14:18:54

可能你初猜不好，你可以试着找找类似的氢转移文献，看看他们的初始结构。
或者，你可以柔性扫描一下，找找最高点。
还有，可能确实过渡态不存在或者过高，你可能需要溶剂分子啥的辅助一下都有可能啊。

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-5-11 14:21:08

量化小菜鸡发表于 2019-5-11 14:18
可能你初猜不好，你可以试着找找类似的氢转移文献，看看他们的初始结构。
或者，你可以柔性扫描一下，找找 ...

都试过了，没有找到

Shaoqz · 发表于 Post on 2019-5-11 20:58:17

质子转移的过渡态确实不太好找，需要你的初结构足够合理才能优化的到，如果自己难以调整好的话可以固定交换的中心结构，先将周围的构象优化到稳定点。而且B-H的中间体不应该找不到啊，再调调初结构的键长和构象吧

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-12 10:31:46

恰当使用柔性扫描，帮助判断合适的初猜，以及判断是否可能根本就没有TS

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[新手求助] 请教H质子转移机理和轨迹？