multiwifn如何实现gauss view中的Edit >> Mirror Invert功能,获得轨道的镜像

BinWang · 发表于 Post on 2021-7-21 20:58:35

本帖最后由 BinWang 于 2021-7-21 21:10 编辑

sob老师您好！
我优化出具有手性的分子结构时不够认真，反应路径上的手性结构是混乱的，用gauss view可以把优化的结构翻转过来得到想要的手性。但是产生的fchk却无法反转，这导致我用multiwfn画分子轨道时得到的是对映体的分子轨道，请问用multiwfn或者VMD能够翻转分子轨道吗。gauss view 能实现这个功能，但是gauss view 画出来的轨道比较难看。除了重新计算分子的镜像结构外，您还有别的办法吗，我的分子挺大的，计算挺费劲的。我说的就是multiwifn如何实现gauss view中的Edit >> Mirror Invert功能

BinWang · 发表于 Post on 2021-7-21 21:03:08

本帖最后由 BinWang 于 2021-7-21 21:06 编辑

我说的就是multiwifn如何实现gauss view中的Edit >> Mirror Invert功能

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-22 00:09:51

Multiwfn主功能300的子功能7可以镜面翻转结构，和gview一样，但是没法翻转轨道。
只能翻转结构完了之后重新算一次单点。算单点通常花不了太多时间

BinWang · 发表于 Post on 2021-7-22 08:50:19

感谢sob老师回复

snljty · 发表于 Post on 2021-7-22 10:35:33

照常画完图，把图片翻转一下不就行了

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2021-7-22 17:36:49

Word里翻

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-5-17 23:43:21

本帖最后由 zjxitcc 于 2023-5-17 23:46 编辑

MOKIT程序自v1.2.6rc4版本起，添加产生镜像分子和镜像波函数功能，假设你的fch文件叫test.fch，启动python，运行如下两行

from mokit.lib.mirror_wfn import mirror_wfn
mirror_wfn('test.fch')

复制代码

即可产生文件test_m.fch，里面所有原子坐标的z分量乘了-1（手性就翻转了），轨道系数也做了相应的调整。这个文件可以直接拿去做波函数分析，因为是严格收敛的。

如果你想验证正确性，可以在Shell里运行

unfchk test_m.fch test_m.chk

复制代码

然后自己写一个test_m.gjf文件去读取test_m.chk，会发现SCF 1圈收敛。

还有个懒人接口

from mokit.lib.mirror_wfn import mirror_c2c
mirror_c2c('test.chk')

复制代码

就是调用formchk, mirror_wfn, unfchk帮我们一次性完成test.chk -> test.fch -> test_m.fch -> test_m.chk 这些步骤。

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