求助：使用antechamber拟合RESP时报错the best APS is not zero, bonds involved b...

张雅琴

请问各位前辈，我用高斯计算了MK电荷后，用ambertool拟合RESP电荷，得到如下报错信息，报错原因有些看不懂，请问如何解决呢？
命令：antechamber -i rPF6.log -fi gout -o rPF6.mol2 -fo mol2 -c resp -rn PF6 -pf y
提示：For atom[1]:P1, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen

          The frozen atom type can only be 1, 2, 3, 7 (aromatic single), 8 (aromatic double)Error: cannot run "/home/yqzhang/amber14/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o             ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit



管理员2019-May-15注：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

让你变成回忆

Gaussian输入文件：完全没必要用6-311+G**基组，用6-31G*就够了。
另外，我这里利用Gaussian计算MK的IOp写的是：6/33=2,6/41=10,6/42=17，和你的有一些差别。我做有机分子的RESP比较多，在antechamber一步写到-c resp就完了，没有后面的-rn和-pf两项。

sobereva

这种体系完全没必要算RESP电荷，直接用MK就完了，RESP对此种刚性体系没有任何额外的好处

张雅琴

让你变成回忆 发表于 2018-3-27 16:49
Gaussian输入文件：完全没必要用6-311+G**基组，用6-31G*就够了。
另外，我这里利用Gaussian计算MK的IOp写 ...

谢谢  这个提示好像是说自由度的问题  由于磷原子被认为冻结了  所以在语句后加了-j 1 解决了这个问题

张雅琴

sobereva 发表于 2018-3-28 15:05
这种体系完全没必要算RESP电荷，直接用MK就完了，RESP对此种刚性体系没有任何额外的好处

谢谢sob老师  我查看了anber手册后解决了

zkzk

张雅琴 发表于 2018-3-29 22:28
谢谢  这个提示好像是说自由度的问题  由于磷原子被认为冻结了  所以在语句后加了-j 1 解决了这个问题

请问你是怎么解决的，我做小分子参数时遇到了同样的问题