PDB文库下载的蛋白文件中大量氨基酸出现原子缺失的情况

hddonghao · 发表于 Post on 2021-6-28 21:34:16

各位老师大家好，我从PDB文库中下载了一个病毒的pdb文件，但是使用GMX产生gro文件时发现有大量的氨基酸缺失原子，请问这种情况下如何快速补齐缺失的原子呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-29 05:28:24

说清楚缺失什么原子，pdb2gmx里选的什么力场。
如果pdb2gmx正常运行完毕，得到的结构就不可能缺原子。如果是有些非极性氢没了，你了解什么叫联合原子力场就自然明白了。
如果说你是指用pdb2gmx的时候程序提示因为缺原子而无法执行，可以用pdb2pqr服务器处理，直接返回给你补全原子的结构（但没法补整个残基）

hddonghao · 发表于 Post on 2021-6-29 09:58:39

sobereva 发表于 2021-6-29 05:28
说清楚缺失什么原子，pdb2gmx里选的什么力场。
如果pdb2gmx正常运行完毕，得到的结构就不可能缺原子。如果 ...

谢谢社长，我去学习一下pdb2pqr如何补全原子结构

qinzhong605 · 发表于 Post on 2021-6-29 11:35:27

你传上来，说不好有热心的坛友，顺手就帮你补全了。

hddonghao · 发表于 Post on 2021-6-30 11:16:03

qinzhong605 发表于 2021-6-29 11:35
你传上来，说不好有热心的坛友，顺手就帮你补全了。

哈哈。。。谢谢谢谢，这个还是得自己学习一下的，已经解决了，感谢感谢

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[GROMACS] PDB文库下载的蛋白文件中大量氨基酸出现原子缺失的情况

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