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[GROMACS] 研究CO2_H2O两相体系界面特性,20℃,3MPa下进行NPT后压力增大,CO2凝结,请问如何解决?

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    准备研究CO2_H2O两相体系的界面特性,固定Lx=Ly=6nm,对x\y使用压力耦合各向同性,Z不同,EM后进行NPT,结果压力增大,盒子出现变形,CO2发生凝结,请问该如何解决才能使体系压力稳定在设定的压力值呢?

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发表于 Post on 2023-7-6 10:11:18 | 只看该作者 Only view this author
把em.gro在VMD里显示出盒子,就能明显看出盒子边框根本都不贴着水层边缘,根本就没有实现你说的Lx=Ly=6nm


至于CO2抱团问题,先用NVT跑纯CO2,确保行为正常,没问题再跑混合体系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-7 16:04:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-6 10:11
把em.gro在VMD里显示出盒子,就能明显看出盒子边框根本都不贴着水层边缘,根本就没有实现你说的Lx=Ly=6nm[/ ...

sob老师你好,我检查了我的盒子在用packmol建模时参数错了导致结构不当,之后又用同样的方法对CO2单相体系进行了模拟,并提取了不同压力下的密度,但随着压力的增大密度越来越偏离实际密度,调整了一些参数仍不理想,是我采用方法的问题还是相关参数设置不当呢?

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