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[GROMACS] 求助:opls力场itp转成rtp使用pdb2gmx出现atom missing问题

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yulaile

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楼主
发表于 Post on 2023-12-21 13:20:29 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本帖最后由 yulaile 于 2023-12-23 11:44 编辑

各位老师好，我用一个寡聚物单体优化后，上传LigParGen下载得到itp文件。itp拆成三个rtp文件Q0,Q1,Q2放在oplsaa.ff目录，然后从itp文件提取atomtypes的信息添加到atomtypes.atp、ffnonbonded.itp中，运行pdb2gmx 出现atom missing的问题。请问各位老师是我编辑的文件格式问题还是操作步骤问题，谢谢各位老师

202312211259478535..png (44.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

pdb2gmx运行错误输出

pdb2gmx运行错误输出

after_gv.pdb

1.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

pdb中定义残基名

Q0.rtp

225 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

残基Q0rtp文件

Q1.rtp

553 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

残基Q1rtp文件

Q2.rtp

225 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

残基Q2rtp文件

pdb2gmx_outfile.txt

8.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

pdb2gmx输出信息

add_atomtypes.txt

2.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

添加到ffnobond和atp的信息

H_F12207.itp

8.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

从LigParGen下载的itp
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