REMD中副本交换次数如何确定？越大越好吗？

hddonghao

本人小白一个，正在学习使用GMX做REMD计算，关于GMX命令中-replex后跟的步骤数不知咋确定，还望各位不吝赐教，真心感谢大家。

beyond

一般来说，2 ps 交换一次就可以，有些文章里面也有1 ps 或者 5 ps的

hddonghao

beyond 发表于 2019-7-10 20:38
一般来说，2 ps 交换一次就可以，有些文章里面也有1 ps 或者 5 ps的

非常感谢你的回复，其实我想问的是命令“GROMACS 4.x: mpirun mdrun -s prefix_.tpr -multi 10 -replex (number of steps) (followed by output options)”中，replex后跟的number of steps是怎么确定的？求指教啊

beyond

hddonghao 发表于 2019-7-10 21:52
非常感谢你的回复，其实我想问的是命令“GROMACS 4.x: mpirun mdrun -s prefix_.tpr -multi 10 -replex ( ...

通常步长是 2fs， 所以你后面接 1000 （2 ps）就可以了，1 ps是 500 步， 5 ps 是2500 步

紫丹渡津

就我的经验来说，有效交换步数的确定需要检查如下性质：
1. 副本的probability density functions是否有交叠以保证一定的交换概率
2. 副本的index是否能遍历整个温度区间

如果以上性质得不到满足则需要考虑使用metadynamics之类的方法提高抽样效率

hddonghao

beyond 发表于 2019-7-10 22:46
通常步长是 2fs， 所以你后面接 1000 （2 ps）就可以了，1 ps是 500 步， 5 ps 是2500 步

你的意思是命令中写“mpirun mdrun -s prefix_.tpr -multi 10 -replex 1000”？也就是步长*500是吧？

hddonghao

紫丹渡津 发表于 2019-7-11 03:43
就我的经验来说，有效交换步数的确定需要检查如下性质：
1. 副本的probability density functions是否有交 ...

非常非常感谢您的建议，那就你的经验来说，一般replex后面跟多少呢？命令“mpirun mdrun -s prefix_.tpr -multi 10 -replex”中，replex后跟多大的数字？与步长有关？步长*500？
再者，能不能把您常用的REMD的mdp文件发我一下，我参考参考，小白一个，请多多指教，非常感谢。

beyond

hddonghao 发表于 2019-7-11 09:53
非常非常感谢您的建议，那就你的经验来说，一般replex后面跟多少呢？命令“mpirun mdrun -s prefix_.tpr  ...

从你的回复中，可以看出你对MD的一些概念也不是很清楚，你也自称小白。
对于初学者，不建议直接开始跑REMD，对于你的问题，-replex的参数并不是最重要的，
number of replicas, temperature range 这些都是你需要考虑的，以保证有效的交换数量。

对于前面你的问题，我给出的1000， 是步数， 而不是500 × 2 fs （步长）， 而是每 2 ps 交换一次，
2 ps / 2 fs = 1000 步

hddonghao

beyond 发表于 2019-7-11 16:24
从你的回复中，可以看出你对MD的一些概念也不是很清楚，你也自称小白。
对于初学者，不建议直接开始跑RE ...

嗯嗯，好的，非常感谢你的回复，我确实是小白一个，还得继续努力学习，非常感谢你的耐心回复