求助，研究蛋白质在金上的吸附，金板加了位置限制仍有波动，是否有必要加冻结

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-3-20 10:15:36

各位老师，我在做蛋白质在金上的吸附时发现金板在加了位置限制之后仍然会有小范围波动，一是担心金原子之间波动会有作用影响结果，二是觉得这样不够美观，之后写论文放图片看着不是很舒服
请问我是否有必要使用冻结呢，看到教程说控压和冻结一起使用容易有bug，建不建议使用冻结呢

若不使用，请问该如何解决金板波动的问题呢

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-3-20 10:52:54

直接冻结可能会对吸附有影响。首先你得确定你所用的力场以及模拟参数下，金板是否能保持其结构。如果能，那应该先从体系或者参数设置上找原因，控压参数是否合理，金板的厚度会不会有影响之类的；如果不能，那再加上position_restraint或者冻结底层的金原子，这样影响会相对小一些。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-20 15:07:47

slab太薄。基于力场的动力学模拟非常便宜，没任何理由才用区区三层原子的slab

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-3-21 10:25:05

Lacrimosa 发表于 2023-3-20 10:52
直接冻结可能会对吸附有影响。首先你得确定你所用的力场以及模拟参数下，金板是否能保持其结构。如果能，那 ...

感谢回复，已找到原因，是金参数不合理，已找到所用力场下金的参数

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-3-21 10:27:22

sobereva 发表于 2023-3-20 15:07
slab太薄。基于力场的动力学模拟非常便宜，没任何理由才用区区三层原子的slab

感谢回复，我增加一下厚度，请问用的金板太薄是会影响吸附吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-21 23:42:16

qingqingdong 发表于 2023-3-21 10:27
感谢回复，我增加一下厚度，请问用的金板太薄是会影响吸附吗

太薄的话吸附作用描述不准确，因为更底下的金属对分子的吸附能仍然不是可以忽略不计的
而且太薄的话可能slab过于容易由于外部作用而变形，导致和实际表面的情况不一致

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-3-22 11:09:35

sobereva 发表于 2023-3-21 23:42
太薄的话吸附作用描述不准确，因为更底下的金属对分子的吸附能仍然不是可以忽略不计的
而且太薄的话可能 ...

明白了，多谢sob老师！请问大概几层才可以呢，6层够不够

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-23 01:52:12

qingqingdong 发表于 2023-3-22 11:09
明白了，多谢sob老师！请问大概几层才可以呢，6层够不够

够了

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-3-23 09:12:14

sobereva 发表于 2023-3-23 01:52
够了

好的，谢谢老师！

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-6-28 14:07:41

qingqingdong 发表于 2023-3-21 10:25
感谢回复，已找到原因，是金参数不合理，已找到所用力场下金的参数

想问一下楼主，如何修改哪些参数使面的力场参数合理呢，我使用的是铁原子，然后根据文献修改了非键参数，在模拟使使用了位置限制，但面还是会发生形变，所以一般这种金属原子的参数要修改哪些呀，求教，感谢

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-6-28 14:25:15

qingqingdong 发表于 2023-3-21 10:25
感谢回复，已找到原因，是金参数不合理，已找到所用力场下金的参数

楼主，您好，方便透露下金slab的参数在哪里找到的吗？

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