使用acpype.py构建带电荷结构拓扑文件出错

zzl280989674 · 发表于 Post on 2018-8-28 12:23:32

在gromacs中使用acpype.py构建如下图所示结构时报错，该结构由两个分子组成，带一个单位负电荷

报错内容如下：
For atom[16]:Cr16, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen

For atom[21]:Cr21, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen

Info: Bond types are assigned for valence state 1 with penalty of 1

Unknown bond type for BOND(C1-N7:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C1-N8:Ar), assuming it is a single bondRunning: /sob/amber16/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac

Running: /sob/amber16/bin/atomtype -i ANTECHAMBER_AC.AC0 -o ANTECHAMBER_AC.AC -p gaff
Total number of electrons: 165; net charge: 0
INFO: Number of electrons is odd: 165
Please check the total charge (-nc flag) and spin multiplicity (-m flag)

Running: /sob/amber16/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out
Error: cannot run "/sob/amber16/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit

++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
ERROR: Antechamber failed
++++++++++start_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Cannot open file Ethyl_Cr2O7_D3_bcc_gaff.mol2 to read in rmol2(), exit
++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
ERROR: Parmchk failed
ERROR: Tleap failed
==> Removing temporary files...
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'Ethyl_Cr2O7_D3_AC.prmtop'

请问是否有人知道该如何解决

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-28 13:41:50

acpype以及antechamber是给有机小分子体系用的，带过渡金属的体系不适合。而且，acpype应该对单体处理

zzl280989674 · 发表于 Post on 2018-8-28 16:55:22

sobereva 发表于 2018-8-28 13:41
acpype以及antechamber是给有机小分子体系用的，带过渡金属的体系不适合。而且，acpype应该对单体处理

谢谢您的回答。
那像这样的体系如果要获取适合GROMACS软件的拓扑文件，有没有什么其他的方法呢？我在ATB上提交过这个文件，结果也是出错了。

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-28 22:57:05

zzl280989674 发表于 2018-8-28 16:55
谢谢您的回答。
那像这样的体系如果要获取适合GROMACS软件的拓扑文件，有没有什么其他的方法呢？我在ATB ...

咪唑那边直接用acpype，带Cr的那边得自己拟合力场参数，或者网上搜类似体系的拓扑文件，适当参考和修改来构建

lao7 · 发表于 Post on 2019-7-23 16:10:49

本帖最后由 lao7 于 2019-7-23 16:19 编辑

sobereva 发表于 2018-8-28 13:41
acpype以及antechamber是给有机小分子体系用的，带过渡金属的体系不适合。而且，acpype应该对单体处理

Sob，请问有机小分子体系，指的多大的小分子？1000个原子能不能用？
我是蛋白质单元，5个肽一个链条，放了20个肽在水盒子里，请问能否用acpype和antechamber处理？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-23 18:46:07

lao7 发表于 2019-7-23 16:10
Sob，请问有机小分子体系，指的多大的小分子？1000个原子能不能用？
我是蛋白质单元，5个肽一个链条，放 ...

不合适
GAFF是给普通有机小分子用的，小肽应当用专门的蛋白质力场，比用普适性的GAFF强得多

lao7 · 发表于 Post on 2019-7-23 19:59:07

本帖最后由 lao7 于 2019-7-23 20:11 编辑

sobereva 发表于 2019-7-23 18:46
不合适
GAFF是给普通有机小分子用的，小肽应当用专门的蛋白质力场，比用普适性的GAFF强得多

请问，在此情况下，用parm99SB力场是否合适？我检索到了这个力场应用于寡肽的文献，但是不知道用什么软件生成这个力场拓扑文件？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-24 22:22:52

lao7 发表于 2019-7-23 19:59
请问，在此情况下，用parm99SB力场是否合适？我检索到了这个力场应用于寡肽的文献，但是不知道用什么软件 ...

和处理普通蛋白质一样处理即可

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