非立方形盒子模拟注意哪些问题

XYwinne · 发表于 Post on 2015-9-17 13:50:35

最近做带有基底吸附的分子动力学模拟，需要建立非立方形盒子，不知哪位大神做过相关的，想请教需要注意哪些问题？

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-9-19 11:23:18

使用MS的AC模块，开始建立的都是正方体盒子吧，只是随着模拟时间的推移，盒子本身的形状发生了变化，如果你在forcite模块里面勾选了“optimize cell”,使用的是NPT或NPH系综分子动力学。

XYwinne · 发表于 Post on 2015-9-20 19:07:38

zyj19831206 发表于 2015-9-19 11:23
使用MS的AC模块，开始建立的都是正方体盒子吧，只是随着模拟时间的推移，盒子本身的形状发生了变化，如果你 ...

我用gromacs做模拟，ms只是用来画图，然后输出为.pdb文件，不知道什么问题，调了很久的构型，都不能跑动力学。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-9-20 19:14:19

XYwinne 发表于 2015-9-20 19:07
我用gromacs做模拟，ms只是用来画图，然后输出为.pdb文件，不知道什么问题，调了很久的构型，都不能跑动 ...

那估计是力场选取有问题，还是收敛标准定的太高，无法收敛，起始构型开始可以用低收敛精度去跑，得到比较好的构型，再一步步的提高精度吧？？？

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