molclus已支持对原子进行冻结

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-28 20:20:50

今日发布了原子团簇与分子构象搜索程序molclus的1.8.6版，详见http://www.keinsci.com/research/molclus.html。新版本支持了冻结原子，通过settings.ini里的freeze设置。如设成2,5-8,12-14代表在涉及优化的任务中将2,5,6,7,8,12,13,14号原子的XYZ笛卡尔坐标冻结。此选项对调用Gaussian、xtb、ORCA、MOPAC的情况皆生效。借助此选项可以实现诸如过渡态结构的构象搜索（即反应的区域坐标冻结而只对其余部分进行构象搜索）。

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2019-7-29 07:55:23

这个真是太有用了，尤其找过渡态的构象。

Xian · 发表于 Post on 2019-7-29 16:01:24

Sob老师，这个软件支持不同温度情况下的构想搜索吗？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-29 22:44:29

Xian 发表于 2019-7-29 16:01
Sob老师，这个软件支持不同温度情况下的构想搜索吗？谢谢。

有不同角度可以去考虑温度影响
比如可以产生初始的traj.xyz的时候通过MD方式产生，这时候可以设置温度
也可以最后用isostat筛选结构的时候输入相应温度，然后保留贡献超过特定百分比的结构。不同温度下波尔兹曼分布不同。
而molclus主体运行过程是对结构依次进行优化，这个环节不体现温度的影响。

Xian · 发表于 Post on 2019-8-1 10:02:19

sobereva 发表于 2019-7-29 22:44
有不同角度可以去考虑温度影响
比如可以产生初始的traj.xyz的时候通过MD方式产生，这时候可以设置温度
...

谢谢Sob老师，因为最近有个工作是想考虑温度对弱相互体系的构型的影响。那我先去学习一下Molclus.

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