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[VMD] 求助:如何使用VMD或其它程序分析不同溶剂化结构的百分比

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如题,本人想对MD的轨迹进行后处理分析;具体问题是想确定模拟后的电解液中锂离子周围不同配位环境所占的比例,想得到如附图的结果。有没有大神可以帮忙解决?最好用VMD里面的代码

不同溶剂化结构比例.png (403.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

不同溶剂化结构比例.png

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发表于 Post on 2024-1-24 05:59:03 | 只看该作者 Only view this author
循环每个锂,用VMD选择语句选择附近的原子,根据这些原子所属的残基号和残基名判断锂周围有几个、什么分子,根据类型进行计数就完了

有什么具体技术问题必须具体问。如果是想让别人给你写一个现成的完整的脚本,一般不会有人义务这么做。如果想自己写VMD tcl脚本但不会,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里面对此有完整全面的讲授可以系统地学习。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-24 12:53:24 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob社长,我再研究下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-28 01:59:51 | 只看该作者 Only view this author
有大佬写过代码,见(http://bbs.keinsci.com/thread-37992-1-1.html

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发表于 Post on 2025-9-23 11:53:43 | 只看该作者 Only view this author
你搞定了吗?我也遇到了这个问题,求教

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