求助：由于原子重叠报错lost atoms如何解决

paplika · 发表于 Post on 2021-5-16 09:42:12

使用lammps建立起一个30*30*60的盒子，在下半部（30*30*30）填充水分子900个，在底层（z=0）处固定一块石墨烯板。最开始报错shake atoms missing,查了各种情况，猜测最有可能是原子重叠；

所以使用了minimize 10e-8 10e-8 100000 100000 语句，但是会导致石墨烯原子移动。

请问有什么其他语句可以解决原子重合的问题吗？谢谢
附，in文件

in.systemtry (1.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

complex · 发表于 Post on 2021-5-20 08:30:24

可以考虑使用delete_atoms命令，关键词用overlap

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2021-5-20 08:57:06

将石墨烯fix shake，水分子之间采用soft势函数优化大概100步，输出新的date文件，soft势不会出现在原子间距极小时，力无穷大的问题

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