求助：关于VASP输出文件XDATCAR格式乱序

YZH_jesse · 发表于 Post on 2021-2-19 21:28:18

本帖最后由 YZH_jesse 于 2021-2-19 21:42 编辑

各位老师好：

我在尝试计算水分子中的质子传输现象，计算过程没有出现报错，但是输出的XDATCAR文件中偶尔会出现乱序的问题。

图1. grotthuss mechanism （图片来自于wikipedia）（我想计算得到的现象）

图2. 输出的XDATCAR文件中出现的乱序问题

计算过程中使用的INCAR, POSCAR, KPOINTS, POTCAR文件和计算产生的OUTCAR, OSZICAR, CONTCAR, XDATCAR均在附件中。

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-2-19 22:43:24

这个Direct configuration=16和17写了好几次，我怀疑是不同的任务在朝着同一个文件写入或者是编译或者环境变量的问题导致不同的进程各自在朝着这个文件写入。重新跑一下看看，如果还不行看看环境变量是否没有设置正确，再不行重新编译程序。

乐平 · 发表于 Post on 2021-2-20 00:02:43

有可能是你的 VASP 编译出问题了。我的服务器上用你的 INCAR, POSCAR, KPOINTS, POTCAR 运行正常，没出现这样的情况。

YZH_jesse · 发表于 Post on 2021-2-20 19:43:54

非常感谢 @卡开发发和 @乐平两位老师的解答！一个学弟给了我一个他配置好的vasp包，重新编译之后就没有这个问题了。

我用的是武大超算，据学弟说运算过程中用 tail -f XDATCAR 查看XDATCAR文件也可能是造成它顺序错乱的原因

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-2-20 21:44:47

YZH_jesse 发表于 2021-2-20 19:43
非常感谢 @卡开发发和 @乐平两位老师的解答！一个学弟给了我一个他配置好的vasp包，重新编译之后就没有 ...

按道理不会，tail并不写入文件才对。

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