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[VASP] 求助 二维硫化钼超级极化率计算用什么软件合适

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最近老师要求计算硫化钼量子点二阶超级极化率。能搜到的都是用Gaussian,但Gaussian通常都用在有机分子上,对过渡金属硫化物不适用。因此求助各位大神vasp能否计算二阶超级极化率,或者有其他途径可以实现对硫化钼量子点二阶超级极化率的计算

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发表于 Post on 2019-9-15 11:47:31 | 只看该作者 Only view this author
“Gaussian通常都用在有机分子上,对过渡金属硫化物不适用”完全没这回事,你对Gaussian存在极其严重的错误认识。
Gaussian算这个毫无问题,而且也是最佳选择
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-15 11:51:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-15 11:47
“Gaussian通常都用在有机分子上,对过渡金属硫化物不适用”完全没这回事,你对Gaussian存在极其严重的错误 ...

感谢sob老师提醒,我也尝试过用Gaussian计算,但是优化这一步都进行不下去。考虑到计算量的问题我是简单建立一个单层4X4模型,是否应该从周期性结构入手,加入边界条件?

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发表于 Post on 2019-9-15 12:11:40 | 只看该作者 Only view this author
pompy 发表于 2019-9-15 11:51
感谢sob老师提醒,我也尝试过用Gaussian计算,但是优化这一步都进行不下去。考虑到计算量的问题我是简单 ...

我不知道你的具体结构什么样,最好直接贴出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-15 12:18:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-15 12:11
我不知道你的具体结构什么样,最好直接贴出来
就是一个简单的4X4 单层二硫化钼单元
%chk=MoS2-singlelayer.chk
%mem=6GB
%nprocshared=12
#opt hf/3-21G

structure

0 1
S                  0.00000000    0.00000000    4.56016000
S                  0.00000000    0.00000000    7.73036000
Mo                 1.82789000    0.00000000    6.13667000
S                  2.74184000   -1.58300000    4.56016000
S                  2.74184000   -1.58300000    7.73036000
Mo                 4.56973000   -1.58300000    6.13667000
S                  5.48368000   -3.16600000    4.56016000
S                  5.48368000   -3.16600000    7.73036000
Mo                 7.31157000   -3.16600000    6.13667000
S                  8.22552000   -4.74900000    4.56016000
S                  8.22552000   -4.74900000    7.73036000
Mo                10.05340000   -4.74900000    6.13667000
S                  0.00000000    3.16600000    4.56016000
S                  0.00000000    3.16600000    7.73036000
Mo                 1.82789000    3.16600000    6.13667000
S                  2.74184000    1.58300000    4.56016000
S                  2.74184000    1.58300000    7.73036000
Mo                 4.56973000    1.58300000    6.13667000
S                  5.48368000    0.00000000    4.56016000
S                  5.48368000    0.00000000    7.73036000
Mo                 7.31157000    0.00000000    6.13667000
S                  8.22552000   -1.58300000    4.56016000
S                  8.22552000   -1.58300000    7.73036000
Mo                10.05340000   -1.58300000    6.13667000
S                  0.00000000    6.33201000    4.56016000
S                  0.00000000    6.33201000    7.73036000
Mo                 1.82789000    6.33201000    6.13667000
S                  2.74184000    4.74900000    4.56016000
S                  2.74184000    4.74900000    7.73036000
Mo                 4.56973000    4.74900000    6.13667000
S                  5.48368000    3.16600000    4.56016000
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Mo                 7.31157000    3.16600000    6.13667000
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S                  8.22552000    1.58300000    7.73036000
Mo                10.05340000    1.58300000    6.13667000
S                  0.00000000    9.49801000    4.56016000
S                  0.00000000    9.49801000    7.73036000
Mo                 1.82789000    9.49801000    6.13667000
S                  2.74184000    7.91501000    4.56016000
S                  2.74184000    7.91501000    7.73036000
Mo                 4.56973000    7.91501000    6.13667000
S                  5.48368000    6.33201000    4.56016000
S                  5.48368000    6.33201000    7.73036000
Mo                 7.31157000    6.33201000    6.13667000
S                  8.22552000    4.74900000    4.56016000
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Mo                10.05340000    4.74900000    6.13667000
S                 10.96740000   -6.33201000    4.56016000
S                 10.96740000   -6.33201000    7.73036000
S                 10.96740000   -3.16600000    4.56016000
S                 10.96740000   -3.16600000    7.73036000
S                 10.96740000    0.00000000    4.56016000
S                 10.96740000    0.00000000    7.73036000
S                 10.96740000    3.16600000    4.56016000
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S                  2.74184000   11.08100000    4.56016000
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S                  5.48368000    9.49801000    4.56016000
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S                  8.22552000    7.91501000    4.56016000
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S                 10.96740000    6.33201000    4.56016000
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发表于 Post on 2019-9-15 12:29:00 | 只看该作者 Only view this author
量子点不需要考虑PBC,要不然也不叫量子点了

你的结构S的数目不是Mo的二倍啊

“优化这一步都进行不下去”说明白到底怎么不能进行

如果你真的是用的HF/3-21G优化的,结果毫无意义

优化至少得用3-21G*结合lanl2DZ,条件好点用6-31G*结合SDD。如果嫌Gaussian算得慢就用ORCA下开RI用纯泛函算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-15 12:41:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-15 12:29
量子点不需要考虑PBC,要不然也不叫量子点了

你的结构S的数目不是Mo的二倍啊

不是二倍的原因是边缘位置主要为S原子。不能运行的原因是结果不收敛,计算两三个小时自动结束。我尝试一下用周期结构和3-21G*结合lanl2DZ优化试试,由于Mo原子的存在很多基组并不适用,选择范围窄很多

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发表于 Post on 2019-9-15 13:05:02 | 只看该作者 Only view this author
pompy 发表于 2019-9-15 12:41
不是二倍的原因是边缘位置主要为S原子。不能运行的原因是结果不收敛,计算两三个小时自动结束。我尝试一 ...

能用于Mo的基组一大把,SDD、lanl系列、def2系列、cc-pVnZ-PP...多了去了
3-21G给Mo用结果完全没法要,这么重的原子绝对不能连标量相对论都不在计算中体现出来

你当周期性来算那算的就不叫量子点了,而是单层MoS2
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-15 15:25:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-15 13:05
能用于Mo的基组一大把,SDD、lanl系列、def2系列、cc-pVnZ-PP...多了去了
3-21G给Mo用结果完全没法要, ...

受教了,我在http://www.basissetexchange.org/上面找的基组,但很多基组我们学校高斯里边没有支持不能用,我最早用的就是cc-pVnZ,没有后边PP,计算不了。加上PP后服务器不识别

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发表于 Post on 2019-9-17 02:51:03 | 只看该作者 Only view this author
pompy 发表于 2019-9-15 15:25
受教了,我在http://www.basissetexchange.org/上面找的基组,但很多基组我们学校高斯里边没有支持不能用 ...

自定义基组啊,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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